分子对接 Archives - 墨灵格的博客

OEDocking——信息用的越多，虚拟筛选性能越好

本文用DUDE+数据集对OEDocking使用单一apo结构的FRED分子对接、单一holo结构的HYBRID分子对接（…

小墨
OEDocking
2022-04-11
455
0

分子对接后处理——与指定残基发生特定相互作用配体的过滤

分子对接后处理可以提高分子对接虚拟筛选的性能。本文分享了如何用Flare的Python API来实现可视化分析的自动化处…

小墨
Cresset
2021-11-02
3,169
0

关于分子对接预测结合模式的问题

本文以Imatinib、dasatinib与ABL1激酶复合物结合模式为例，解释为什么分子对接并不是一件容易的事。

原创文章
小墨
Docking
2021-07-30
1,630
4

基于药效团、分子对接、分子形状的深度增强学习结构生成案例汇总

深度生成模型已用来进行从头分子设计，能够生成性质理想的化合物。然而，大部分深度生成模型的性质并不包含比如形状、药效团以及…

原创文章
小墨
案例
2021-07-21
1,345
0

基于结构药物发现中的决策：对接结果的手工检查

分子对接是一种广泛应用于药物发现的计算方法。由于分子对接固有的不精确性，结合模式的手工检查是计算药物化学家在决策过程中至…

原创文章
小墨
Docking
2021-05-22
1,881
6

SPARK webinar 分子对接分子生长骨架跃迁

网络研讨会 | 用SPARK帮你突破现有技术设计的限制（附视频回放）

本视频演示了如何用SPARK进行骨架跃迁与分子生长以突破现有技术或知识产权的限制、获得具有独立知识产权的新化合物。还演示了即将发布的新版SPARK的特性：用基于结构的方法（分子对接方法）进行分子生长。

原创文章
小墨
Cresset
2020-11-08
1,018
0

云计算教程 | 在云端用VirtualFlow实现超高通量虚拟筛选

VirtualFlow是一款开源的、基于结构的、超高通量虚拟筛选平台，Gorulla等人成功地用8000个核心花两周时间…

原创文章
小墨
Docking
2020-07-20
5,364
6

2019-nCoV 3CL水解酶与抑制剂的复合物结构

由上海科技大学饶子和/杨海涛课题组测定的2019-nCoV冠状病毒3CL水解酶(Mpro)的高分率晶体结构于2020年2…

原创文章
小墨
Cresset
2020-02-06
5,536
5

真实世界的分子设计

罗氏的科学家们分享了一系列小分子药物发现案例，在这些案例中计算方法前瞻性地影响了罗氏的研究项目，目的是凸显那些能够实际带…

原创文章
小墨
ligand-based
2020-01-23
4,157
9

关于用分子对接预测结合亲和力的问题

人们喜欢用分子对接预测化合物的结合亲和力以解释化合物的活性差异。经常有人吐槽：对接对化合物活性排序非常不准。因此本文的主…

原创文章
小墨
Docking
2019-04-30
9,815
7

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真实世界的分子设计

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