肖高铿. 2021-11-05

from cresset import flare
from rdkit import Chem
from rdkit.Chem import AllChem
from simtk.openmm import openmm

使用当前已经打开的视窗作为研究对象

p = flare.main_window().project

以第一个分子为例

#读取第一个分子为lig
lig = p.ligands[0]

#将flare分子转为rdkit分子
mol = flare.Ligand.to_rdmol(lig)

#计算配体的原子数以便进行索引
n_lig_atoms = mol.GetNumAtoms()

print(n_lig_atoms)

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重原子约束的MMFF94力场优化

RDKit的力场支持点约束（AddFixedPoint），参见：https://www.rdkit.org/docs/source/rdkit.ForceField.rdForceField.html。

将每个重原子索引出来，赋予力场点约束。写个helper来索引重原子。

def add_fixed_atoms_helper(ff, mol):
  for i in range(0, mol.GetNumAtoms()):
    atom = mol.GetAtomWithIdx(i)
    if ((atom.GetAtomicNum() != 1) and (i < mol.GetNumAtoms())):
      ff.AddFixedPoint(i)

使用MMFF94s而不是默认的MMFF94，需要通过MMFFMolProperties来修改

具体方法参见：https://www.rdkit.org/docs/source/rdkit.ForceField.rdForceField.html

mp = AllChem.MMFFGetMoleculeProperties(mol,mmffVariant='MMFF94s')

ff = AllChem.MMFFGetMoleculeForceField(mol, mp)

添加重原子约束

add_fixed_atoms_helper(ff, mol)

RDKit的力场默认使用200步优化，这个可以修改，比如修改为1000

ff.Minimize(maxIts=1000)

0

将优化后的分子添加到Flare的项目里，视窗可见

p.ligands.append(mol)

<cresset.flare.Ligand with ID '111' role '1000' at 0x0000022EF16A6890>