本文以DUD-E PDE5A子集为例，演示了如何用Flare的相互作用分析来对Uni-Dock结果进行基于结构的过滤，在…
用基于结构的过滤提高分子对接虚拟筛选的效率
本文以DUD-E PDE5A子集为例，演示了如何用Flare的相互作用分析来对Uni-Dock结果进行基于结构的过滤，在…
- 原创文章
- 小墨
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- Benchmarking
- 2023-09-24
- 950
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警惕虚拟筛选性能测试的结论
本文以DUD-E的靶标HIV PR为例，演示了蛋白结构选择对虚拟筛选性能测试的影响。具体的讲，当使用PDB 1XL2作为…
- 原创文章
- 小墨
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- Benchmarking
- 2023-09-13
- 386
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用数据融合增强分子对接的虚拟筛选性能
本文以DUD-E的EGFR子集为例，在Flare Docking的虚拟筛选模式下对Actives与Decoys进行了分子…
- 原创文章
- 小墨
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- Benchmarking
- 2023-08-31
- 785
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在Flare™中用RDKit指纹与2D描述符建立QSAR模型
在本文中，我们演示了如何用Flare的QSAR建模功能，导入RDKit指纹与2D分子描述符用于机器学习方法SVM建立血脑…
Flare™系综共价对接
系综共价对接（Ensemble Covalent Docking）是Flare最近引入的一个新功能。本文以脯氨酰寡肽酶（…
用DFT//GFN2-xTB 混合方法自定义力场参数
为了在分子动力学（MD）或自由能微扰（FEP）计算中获得准确可靠的小分子热力学性质，需要在默认力场参数化之外改进分子的分…
使用半经验GFN2-xTB计算来处理含100多个原子较大分子结构的能量最小化
在本文中，我们介绍了Flare QM的DFT//GFN2-xTB几何优化与单点能计算的混合工作流。强调了GFN2-xTB…
在Flare里创建肽类分子
在本文中，我们介绍了Flare肽编辑器的功能。具体地讲，我们以人工非糖甜味剂天冬氨酸苯丙氨酸二肽的甲酯（阿斯巴甜）为例，…
使用Flare的组合库枚举器（Library enumerator）进行化学修饰
在基于配体和基于结构设计方法中，配体的互变异构体和质子化状态的正确归属对于分子建模实验的成功是至关重要的，因为它可能对配…
用自由能计算与生物等排体替换来进行SARS-Cov-2 Mpro 半胱氨酸蛋白酶抑制剂的识别研究
本文以SARS-CoV-2的3CL Mpro非共价抑制剂为例，演示了如何协同使用Flare FEP与Spark以加速新的…
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