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小墨 的文章
使用Flare的组合库枚举器(Library enumerator)进行化学修饰
在基于配体和基于结构设计方法中,配体的互变异构体和质子化状态的正确归属对于分子建模实验的成功是至关重要的,因为它可能对配…
原创文章
小墨
Cresset
2023-06-02
52
0
用自由能计算与生物等排体替换来进行SARS-Cov-2 M
pro
半胱氨酸蛋白酶抑制剂的识别研究
本文以SARS-CoV-2的3CL Mpro非共价抑制剂为例,演示了如何协同使用Flare FEP与Spark以加速新的…
原创文章
小墨
Cresset
2023-06-01
74
0
Flare™V7.0发布——增强的分子对接、更好的QSAR建模与更精确的FEP与MD结果
Flare是Cresset基于配体和基于结构的建模平台,本文介绍了最新版本V7全新的、增强的科学和方法,包括用大正则非平…
原创文章
小墨
Cresset
2023-05-15
319
0
选择性CDK8抑制剂的骨架跃迁
本文以Merck的选择性CDK8抑制剂MSC2530818的衍生物为起点分子,用SPARK对连接臂部分进行了生物等排体替…
原创文章
小墨
Cresset
2023-05-04
955
0
加速发现新型靶向蛋白降解疗法
靶向蛋白降解是一种新的治疗方法,为以前认为难以成药靶标的药物发现提供了新方法,目前已有多个蛋白降解剂项目进入临床开发阶段…
原创文章
小墨
Cresset
2023-05-01
438
0
应用FBDD识别新化合物并增加配体修饰的多样性
本文探讨了基于片段的药物发现(FBDD)面临的挑战,并以PNMT抑制剂为例,介绍了Cresset discovery的建…
原创文章
小墨
Cresset
2023-04-30
257
0
利用Flare™中的分子动力学模拟深入了解膜蛋白复合物
本文介绍了Flare MD模拟对膜蛋白模拟支持的一些特性。
原创文章
小墨
Cresset
2023-04-30
270
0
用基于配体的蛋白叠合来解释CT7001对CDK7/CDK2激酶选择性
本文以选择性CDK7抑制剂CT7001为例,来说明如何用基于配体的蛋白叠合方法来比较CT7001与CDK7/CDK2的结…
原创文章
小墨
Cresset
2023-04-26
467
0
将Flare™ Hit Expander和Flare FEP快速且准确的苗头到先导过程用于CDK9抑制剂的发现
本案例研究展示了一种联合使用取代位衍生物扫描与自由能计算的工作流,它可以围绕一个苗头化合物来快速探索周围SAR,从而加速…
原创文章
小墨
Cresset
2023-04-24
450
1
用分子动力学模拟生成蛋白构象系综以用于生物学更加合理的分子对接实验
在本月初的网络研讨会上,我们展示了Flare中的分子动力学模拟和对接如何作为一种先进的研究技术而协同工作。在传统的对接模…
原创文章
小墨
Cresset
2023-04-23
486
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