小墨

Spark™数据库更新发布并新增农业化学品库

Spark数据库含有来自有商品可供购买的筛选化合物、科技文献、专利文献、商品可供购买的试剂、小分子晶体结构（结晶学开放数 ...

EFMC最佳实践倡议——从苗头到先导物

“从苗头到先导”（Hit to Lead，H2L）的过程是现代药物发现不可或缺的一部分，涵盖了将已验证的苗头化合物（Hi ...

使用蛋白质-配体相互作用指纹（PLIF）对分子数据进行聚类

本文介绍了Flare的PLIF聚类分析方法，它可以用来快速识别配体数据集中具有相似结合特征的化合物。 ...

用结合模式元动力学模拟（BPMD）探索配体-蛋白结合模式稳定性

本文介绍了结合模式元动力学（Binding Pose MetaDynamics，BPMD）模拟的开源python实现Op ...

SPARK应用案例——RSV聚合酶抑制剂从DEL苗头到类药先导化合物的优化

在本研究中，来自强生的研究人员利用已知的封帽结构域结合物JNJ-8003进行了一次有针对性的DNA编码库（DEL）筛选， ...

药物相互作用中熵和疏水效应的归因性解释

药物与生物大分子之间的ΔG亲和力及其潜在的非共价相互作用在药物发现中起着至关重要的作用。 ...

原创文章

选择性METTL3抑制剂EP652苗头化合物1的发现

METTL3抑制剂苗头化合物 1 的发现过程综合运用了基于配体的药物设计（LBDD）、结构生物学（SBDD）、QSAR ...

增强CDPKit的药效团模型

本文提供了一个Flare Python拓展，根据被选择的原子，创建芳香环药效团特征描述，可用来直接替换CDPKit药效团 ...

计算药物发现工具——对发现过程的深入理解

Cresset技术的核心在于其专有的XED力场，该力场通过扩展电子分布（XED）来更准确地模拟分子内的静电和轨道相互作用 ...

Flare FEP案例 | 在骨架跃迁实验中用绝对结合自由能计算精确预测活性

鉴于计算方法在活性预测方面相比实验室方法的效率优势日益凸显，加之由于计算机硬件的进步，高性能结构赋能方法的可及性不断提高 ...

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