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在基于配体3D相似性的虚拟筛选中使用Tversky

在基于配体3D相似性的虚拟筛选中使用Tversky

本文介绍了基于配体3D相似性计算两种主要方法Tanimoto与Tversky，并将ROCS Tversky相似性方法与文…
将水与静电分析作为基于结构设计的核心——BCL6与TYK2 JH2抑制剂算例

将水与静电分析作为基于结构设计的核心——BCL6与TYK2 JH2抑制剂算例

本文介绍了两个将水与静电分析作为基于结构设计核心的应用案例。一个算例来自TYK2 JH2抑制剂，GamePlan的取代假…
CT7001的CDK7/CDK2激酶靶标选择性分析

CT7001的CDK7/CDK2激酶靶标选择性分析

本文从激酶特性结合子口袋分析、相互作用分析与生物活性构象稳定性分析等三个角度考察了CT7001对CDK7与CDK2激酶选…
用水的能量学信息重现KRAS<sup>G12D</sup>选择性抑制剂MRTX1133的哌嗪侧链优化过程

用水的能量学信息重现KRASG12D选择性抑制剂MRTX1133的哌嗪侧链优化过程

本文演示了如何用SZMAP/GAMEPLAN对KRAS G12D-化合物5B的共晶结构（PDB 7RT4）结合位点进行水…
ORION云计算——OEDocking与ROCS超高通量虚拟筛选计算服务

ORION云计算——OEDocking与ROCS超高通量虚拟筛选计算服务

ORION是OpenEye基于AWS的云计算计算，部署了OpenEye的全部软件工具并整合多种开源软件。ORION以专有…
OEDocking——信息用的越多，虚拟筛选性能越好

OEDocking——信息用的越多，虚拟筛选性能越好

本文用DUDE+数据集对OEDocking使用单一apo结构的FRED分子对接、单一holo结构的HYBRID分子对接（…
ROCS——用形状技术进行高效的虚拟筛选

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本文用DUDE数据集对基于配体的ROCS虚拟筛选方法进行了性能评估，评估指标包括总体性能ROC AUC、早期富集能力lo…
用多个蛋白信息来提高用单一蛋白结构分子对接虚拟筛选的性能

用多个蛋白信息来提高用单一蛋白结构分子对接虚拟筛选的性能

本文以PDE5A数据集为例，比较了使用单一apo结构的FRED分子对接虚拟筛选与使用多个holo结构的HYBRID分子对…
用张力能评估构象稳定性及其在先导化合物优化中的应用——更多力场选择

用张力能评估构象稳定性及其在先导化合物优化中的应用——更多力场选择

本文用两对化学结构仅一个原子差异但活性相差巨大的分子对为例，尝试用FreeForm以不同的力场计算张力能来解释活性差异的…
用OEChem分析Asciminib与ABL的相互作用

用OEChem分析Asciminib与ABL的相互作用

OEChem不仅是一个强大的数据整合工具，而且还是强大的蛋白-配体相互作用分析工具。本文以最近上市的ABL别构抑制剂As…

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