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OpenEye
偏电荷( partial charge)的计算
本文介绍了常见偏电荷(partial charge)的计算方法、区别与合适的应用场景。OpenEye的QUACPAC提供…
原创文章
小墨
OpenEye
2023-12-08
618
0
在基于配体3D相似性的虚拟筛选中使用Tversky
本文介绍了基于配体3D相似性计算两种主要方法Tanimoto与Tversky,并将ROCS Tversky相似性方法与文…
原创文章
小墨
Benchmarking
2023-04-17
1,057
0
将水与静电分析作为基于结构设计的核心——BCL6与TYK2 JH2抑制剂算例
本文介绍了两个将水与静电分析作为基于结构设计核心的应用案例。一个算例来自TYK2 JH2抑制剂,GamePlan的取代假…
原创文章
小墨
OpenEye
2022-12-29
1,825
1
CT7001的CDK7/CDK2激酶靶标选择性分析
本文从激酶特性结合子口袋分析、相互作用分析与生物活性构象稳定性分析等三个角度考察了CT7001对CDK7与CDK2激酶选…
小墨
FreeForm
2022-05-31
2,973
1
用水的能量学信息重现KRAS
G12D
选择性抑制剂MRTX1133的哌嗪侧链优化过程
本文演示了如何用SZMAP/GAMEPLAN对KRAS G12D-化合物5B的共晶结构(PDB 7RT4)结合位点进行水…
小墨
OpenEye
2022-05-16
3,265
0
ORION云计算——OEDocking与ROCS超高通量虚拟筛选计算服务
ORION是OpenEye基于AWS的云计算计算,部署了OpenEye的全部软件工具并整合多种开源软件。ORION以专有…
小墨
discovery service
2022-04-18
1,677
0
OEDocking——信息用的越多,虚拟筛选性能越好
本文用DUDE+数据集对OEDocking使用单一apo结构的FRED分子对接、单一holo结构的HYBRID分子对接(…
小墨
Benchmarking
2022-04-11
2,226
0
ROCS——用形状技术进行高效的虚拟筛选
本文用DUDE数据集对基于配体的ROCS虚拟筛选方法进行了性能评估,评估指标包括总体性能ROC AUC、早期富集能力lo…
原创文章
小墨
Benchmarking
2022-03-15
4,915
0
用多个蛋白信息来提高用单一蛋白结构分子对接虚拟筛选的性能
本文以PDE5A数据集为例,比较了使用单一apo结构的FRED分子对接虚拟筛选与使用多个holo结构的HYBRID分子对…
小墨
Benchmarking
2022-03-02
2,583
1
用张力能评估构象稳定性及其在先导化合物优化中的应用——更多力场选择
本文用两对化学结构仅一个原子差异但活性相差巨大的分子对为例,尝试用FreeForm以不同的力场计算张力能来解释活性差异的…
小墨
OpenEye
2022-02-08
3,023
0
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QM扭转角分析——控制依鲁替尼芳香轴构象提高靶标选择性
用扭转角分析解释完美的结合模式、实测活性令人失望的现象
2024-03-13
基于配体的虚拟筛选发现高亲和力淀粉样蛋白配体
2024-03-09
用QSAR模型对新设计的分子进行优先级排序——SARS-CoV-2 M
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抑制剂的2D与3D-QSAR研究
2024-03-07
在基于结构的设计中用QM扭转角分析研究构象效应
2024-03-03
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