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PD-1/PD-L1相互作用抑制剂——探索结合口袋的性质引入新的相互作用

PD-1/PD-L1相互作用抑制剂——探索结合口袋的性质引入新的相互作用

本文以PD-1/PD-L1相互作用抑制剂BMS-202为例，用Flare/GIST与Ligandscout/Apo si…
用系综虚拟筛选策略提高基于药效团模型的虚拟筛选性能——PDE5A抑制剂虚拟筛选案例分析

用系综虚拟筛选策略提高基于药效团模型的虚拟筛选性能——PDE5A抑制剂虚拟筛选案例分析

人们已经证明系综虚拟筛选策略可以提高基于配体与基于分子对接虚拟筛选方法的性能，但能否提高基于药效团虚拟筛选方法的性却没有…
预测BCR-ABL1激酶的别构结合位点

预测BCR-ABL1激酶的别构结合位点

本文以BCR-ABL1激酶为例，演示了如何用LigandScout预测潜在的结合位点，接着用GIST预测结合位点的成药性…
使用深度生成模型设计具有所需药效团的DDR1抑制剂

使用深度生成模型设计具有所需药效团的DDR1抑制剂

本文描述了如何联合使用LigandScout与REINVENT实现深度生成模型 (DGM) 设计具有所需药效团的DDR1…
JAK3共价抑制剂激酶铰链区结合片段的虚拟筛选、裁剪与移植

JAK3共价抑制剂激酶铰链区结合片段的虚拟筛选、裁剪与移植

本文以JAK3共价抑制剂PF-06651600为例，演示了如何用Ligandscout的药效团片段筛选方法对片段数据库进…
片段虚拟筛选发现新的KRAS<sup>G12C</sup>共价抑制剂

片段虚拟筛选发现新的KRASG12C共价抑制剂

在本算例中，我们以6TAM的共晶配体为先导化合物，用LigandScout基于结构的方法识别药效团并搜索ZINC双环片段…
药效团模型的分层图表示

药效团模型的分层图表示

对于蛋白-配体相互作用模式的研究，目前有各种各样的采样方法允许快速访问大规模数据。主要的例子是大量使用分子动力学模拟应用…
计算赋能工作流识别全新KRAS<sup>G12C</sup>共价别构抑制剂

计算赋能工作流识别全新KRASG12C共价别构抑制剂

本文用Ilib Diverse重现了拜尔公司Mortier等人的计算赋能工作流识别全新KRAS G12C共价抑制剂中的组…
新一代3D药效团模型

新一代3D药效团模型

3D药效团模型是生物活性构象的配体以化学方式定义的相互作用的三维集合。它以一种优雅的方式来解读化学编码的配体信息，因而在…
用分子动力学模拟评估药效团特征稳定性

用分子动力学模拟评估药效团特征稳定性

12个蛋白-配体体系的分子动力学模拟分别用于生成单一、基于结构的药效团模型，这些合并的模型联合使用了初始实验结构的信息与…

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