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Cresset设立新的副总裁职位以领导其人工智能(AI)战略
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使用Flare™ FEP进行精确结合亲和力的计算——三个GPCR基准测试结果令人鼓舞
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配体熵很难但不应被忽略
如果采取适当的措施,对接预测的结合模式和亲和力是可以精确计算的。在柔性配体结合时,因构象自由度限制导致的结合能熵惩罚在计…
原创文章
小墨
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2024-03-30
437
0
基于结构虚拟筛选的科学与艺术
药物发现各个阶段的高损耗率推动了人们探索更大化学空间的需求,基于结构虚拟筛选因此而势头正盛。本文从贝叶斯的角度讨论了其作…
原创文章
小墨
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2024-03-28
1,086
1
基于配体的虚拟筛选发现高亲和力淀粉样蛋白配体
纤维蛋白聚集是神经退行性疾病的特征,但也是难以进行配体设计的代表性靶标,因为关于结合位点的结构信息有限。在本文中,用基于…
原创文章
小墨
Cresset
2024-03-09
655
0
势能面——联系分子结构与能量的纽带
本文介绍了势能面与反应坐标的概念,以及势能面与结构、能量的关系。还讨论了结构、稳定性、反应性和选择性与能量之间的关系。
原创文章
小墨
Conformational control
2023-12-05
902
0
数据驱动的微扰网络生成用于相对结合自由能计算
在本文中,Mark为大家解释了FEP计算相对结合自由能的原理,总结了爱丁堡大学Scheen和Michel文章关于AI生成…
原创文章
小墨
Cresset
2022-10-28
2,360
2
基于结构药物设计中的静电互补性
在基于结构的药物发现中,静电互补性的优化是提高分子对特定蛋白靶标亲和力的重要策略。在本文中,作者列举了几个优化蛋白-配体…
原创文章
小墨
Cresset
2022-06-13
4,149
0
使用深度生成模型设计具有所需药效团的DDR1抑制剂
本文描述了如何联合使用LigandScout与REINVENT实现深度生成模型 (DGM) 设计具有所需药效团的DDR1…
原创文章
小墨
Ligandscout
2021-07-03
2,735
0
药效团模型的分层图表示
对于蛋白-配体相互作用模式的研究,目前有各种各样的采样方法允许快速访问大规模数据。主要的例子是大量使用分子动力学模拟应用…
原创文章
小墨
Ligandscout
2021-06-06
2,641
0
基于结构药物发现中的决策:对接结果的手工检查
分子对接是一种广泛应用于药物发现的计算方法。由于分子对接固有的不精确性,结合模式的手工检查是计算药物化学家在决策过程中至…
原创文章
小墨
Docking
2021-05-22
4,573
7
数据库挖掘的启示:不同寻常的蛋白-配体相互作用有多重要?
我们提出了一种新方法,可以从PDB的挖掘中获得蛋白-配体原子对的相互作用倾向。为了确保得到可靠的统计,我们使用视线接触过…
原创文章
小墨
文献阅读
2021-05-05
4,615
1
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鸡蛋花素的ECD光谱计算
Cresset设立新的副总裁职位以领导其人工智能(AI)战略
2024-04-21
分子内硫-孤对电子相互作用
2024-04-14
虚拟筛选——从CB1结合剂中筛选出对CB2具有选择性的先导化合物
2024-04-10
避免虚拟筛选时的化学类型偏好——用3D静电场与形状描述符来探索多样的化学空间
2024-04-03
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