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使用蛋白质-配体相互作用指纹(PLIF)对分子数据进行聚类
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SPARK应用案例——RSV聚合酶抑制剂从DEL苗头到类药先导化合物的优化
25.04.22
选择性METTL3抑制剂EP652苗头化合物1的发现
25.04.20
增强CDPKit的药效团模型
25.04.18
计算药物发现工具——对发现过程的深入理解
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Gaussian
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使用蛋白质-配体相互作用指纹(PLIF)对分子数据进行聚类
本文介绍了Flare的PLIF聚类分析方法,它可以用来快速识别配体数据集中具有相似结合特征的化合物。 ...
用结合模式元动力学模拟(BPMD)探索配体-蛋白结合模式稳定性
本文介绍了结合模式元动力学(Binding Pose MetaDynamics,BPMD)模拟的开源python实现Op ...
选择性METTL3抑制剂EP652苗头化合物1的发现
METTL3抑制剂苗头化合物 1 的发现过程综合运用了基于配体的药物设计(LBDD)、结构生物学(SBDD)、QSAR ...
增强CDPKit的药效团模型
本文提供了一个Flare Python拓展,根据被选择的原子,创建芳香环药效团特征描述,可用来直接替换CDPKit药效团 ...
计算药物发现工具——对发现过程的深入理解
Cresset技术的核心在于其专有的XED力场,该力场通过扩展电子分布(XED)来更准确地模拟分子内的静电和轨道相互作用 ...
Flare FEP案例 | 在骨架跃迁实验中用绝对结合自由能计算精确预测活性
鉴于计算方法在活性预测方面相比实验室方法的效率优势日益凸显,加之由于计算机硬件的进步,高性能结构赋能方法的可及性不断提高 ...
用Flare QM分析C-H···O=C氢键相互作用
如果一个分子具有带电原子,那么从真空DFT计算获得的MESP将完全被该电荷主导,这使得计算的MESP不能于指导分子设计的 ...
在Flare里使用TxGemma预测化合物的性质
TxGemma是基于谷歌DeepMind的Gemma模型家族——一系列轻量级、最先进的开源模型——专门训练用于理解和预测 ...
使用Flare™ FEP计算验证AI预测的蛋白质结构模型
本文展示了Flare FEP作为一种可靠且用户友好的配体结合自由能预测方法。 ...
Flare FEP案例 | 优化靶向亲环素B的三臂抑制剂用于新型MASH的治疗
代谢功能障碍相关脂肪肝病(MASLD)是全球范围内日益严重的公共卫生问题,其进展可导致肝硬化、肝衰竭及肝癌。 ...
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