摘要：Cresset和Enamine宣布扩展他们在靶向蛋白降解（TPD）领域的全球合作。TPD是一种在药物发现中越来越重要的策略，其中PROTACs是关键的小分子。Enamine已经合成了一个包含5400种TPD相关连接臂库，并设计了另外13000种可快速合成的连接臂分子。这些连接臂库已集成到Cresset的Spark工具中，这是一个用于苗头化合物和先导化合物优化的生物等排体替换工具。Spark利用XED力场来搜索具有相似静电和形状的片段，对于设计TPD中使用的异双官能分子特别有用。通过集成Enamine的PROTAC连接臂库，Spark现在可以搜索更大的降解剂连接臂，这对于设计异双官能分子连接臂至关重要。Enamine还提供了通过其MADE砌块和CRO服务寻找感兴趣连接臂的类似物。这次合作预计将大大扩展Spark在小分子药物发现中的实用性，并帮助客户设计出更好的分子。
2024年8月2日——英格兰剑桥——Cresset，一家为药物发现提供集成型计算解决方案的创新供应商，宣布与Enamine——一家全球领先的化学和生物合同研究机构以及新式构建块的生产商——在靶向蛋白质降解（targeted protein degradation，TPD）领域扩展了全球合作关系。
TPD是一种令人兴奋的研究策略，其应用范围正在扩大，涵盖化学生物探针和治疗药物的开发。用于TPD的主要小分子类别被称为蛋白酶降解靶向嵌合体（PROTACs），它们由POI-结合配体和E3连接酶-配体通过连接臂连接而成。连接臂的设计在优化降解以及物理化学和ADME特性方面都面临着极大的挑战。
Enamine已合成了一个包含5400个TPD相关连接臂的数据库，这些连接臂现在可供全球立即交付，并且设计了另外13,000个可通过快速合成获得的连接臂分子。为了响应客户需求，Enamine连接臂库已部署在Cresset的Spark中—— 这是一种广泛用于苗头化合物和先导化合物优化的生物等排体替换工具。它使用XED力场搜索库中的片段，以使用相似性打分算法寻找与目标骨架或R-基团具有相似静电和形状的片段。Spark在设计用于TPD的异双官能分子方面特别有价值。
通过Spark骨架跃迁，用户可以将连接臂视为要被从现成数据库中替换生物等排体类似片段的骨架。然而，由于分子尺寸和柔性，大部分数据库很少包含降解剂连接臂。
将新的Enamine TPD相关连接臂库集成到Spark中，使人们能够搜索已知的降解剂连接臂，这些连接臂通常比现有库中的典型片段更大、更具柔性。早期的实验显示出非常有前景的结果，表明这些数据可能是设计异双官能分子连接臂的关键。
Enamine执行副总裁Vladimir Ivanov博士评论道：“我们很高兴继续与Cresset进行富有成效的合作。此外，在Spark中提供对Enamine TPD相关连接臂库访问，为我们的联合客户提供了生物等排体替换和骨架跃迁的绝佳解决方案。此外，通过Enamine MADE砌块（可在4-6周内交付）和Enamine合成CRO寻找感兴趣连接臂的类似物。”
Cresset首席科学官Mark Mackey博士评论道：“Spark是业界最受欢迎的生物等排体替换工具，添加这些连接臂库将扩大Spark的应用范围，应用于更广泛的小分子药物发现项目。我们很高兴继续与Enamine合作，帮助我们的客户通过设计最佳的分子来推进他们的项目。”
