KNIME工作流| 化合物性质的计算与过滤

摘要：本教程以常见的化合物物理性质计算为例，演示了如何建立KNIME工作流，实现下面的操作：读入一个SDF格式化合物数据库，进行脱盐处理，计算性质（氢键受体、供体数量，油水分配系数，极性表面积，可选择键数量，分子量），性质过滤，输出结果到一个SDF格式文件。

一. 前言

KNIME是一款开源的数据处理与分析平台，尤其在化学与药物设计领域，可以用KNIME来完成很多繁琐、重复的任务。比如经常需要对化合物数据库做很多必要的处理：脱盐，加氢，生成3D结构，结构优化，构象搜索，性质计算，结构格式转化等等。所有的这些都可以通过建立一个KNIME工作流（Workflow）来实现。

使用KNIME最大的好处是：1）不需要编程就可以进行灵活的数据处理与计算；2）如果数据有更新，只是重新运行工作流即可完成；3）有利于团队技术传承：一个专业高手写个工作流保存下来，可以分享给非专业的同事使用而免去重复开发、降低学习成本。

二. 应用实例

本教程以常见的化合物物理性质计算为例，包含了下面的操作步骤：读入一个SDF格式化合物数据库，进行脱盐处理，计算性质（氢键受体、供体数量，油水分配系数，极性表面积，可选择键数量，分子量），性质过滤，输出结果到一个SDF格式文件。整个流程写成图1的工作流。
KNIME工作流| 化合物性质的计算与过滤-墨灵格的博客