摘要:GaussView 6系列教程,包含了5个视频、对应五个主题:(1)搭建分子;(2)Gaussian计算;(3)结果可视化;(4)3D结果可视化;(5)光谱与绘图。内容覆盖了如何画一个结构、生成计算作业、进行计算、结果分析与光谱计算等GaussView的入门教程。此外,还有GaussView 6的安装教程。

一. GaussView 6在Unix类系统下的安装与使用

1.1 安装GaussView 6

请先安装Gaussian或Utility,再安装GaussView,具体参见:《Gaussian教程 | Gaussian16的安装

假设GaussView安装文件为gv.tgz,在安装完Gaussian之后,将GaussView解压到$g16root下即可,键入如下命令:

[tom@linuxbox ~]$ cd $g16root
[tom@linuxbox ~]$ tar -zxf gv.tgz


总的来说,将GaussView解压到$g16root目录即可。

1.2 GaussView的使用

  1. 初始化g16的环境变量
  2. 我们在安装Gaussian 16时设定了环境变量,使用GV6需要初始化这个环境变量,见Gaussian 16安装教程的第二节《Gaussian 16环境变量的设定》。在本例中,我把环境变量写在文件g16_env.sh里了,存放在“~”目录下。因此键入下面命令即可完成初始化:

    [tom@linuxbox ~]$ source ~/g16_env.sh


  3. 使用GaussView 6
  4. 完成初始化之后,就可以使用gv命令启用GaussView 6了。请在终端键入gv:

    [tom@linuxbox ~]$ gv

    常见问题:为什么我用鼠标双击gview.exe后打不开GaussView。正确的用法是如上键入gv命令!

1.3 可能出现的情况

  1. 分子结构或分子表面展示不出来
  2. 部分用户将GaussView 6安装在远程Linux服务器上,在Windows下通过Xwindows远程启用gv,发现读入分子结构或生成分子表面不正常:看不见化合物、需要移动一下鼠标才能看见等等。这是因为环境不支持OpenGL或者OpenGL没有安装,请联系您的系统管理员或Xwindows供应商解决相关问题。没有OpenGL时请使用soft选项启用GV: soft让GV不需要OpenGL也可以工作。

    [tom@linuxbox ~]$ gv -soft


  3. 系统提示没有gv命令
  4. 是因为没有初始化G16的环境变量g16.profile,请初始化,见1.2的第1节。

  5. gv6提示找不到Gaussian
  6. (1)请按照上述步骤先安装Gaussian 16或Gaussian Utility,再安装GaussView 6;(2)初始化G16环境变量;(3)再键入gv。

  7. 出现错误提示:error while loading share libraries: libGLU.so.1
  8. 这说明系统没有安装显卡驱动,请参照《Linux命令极简教程》来进行安装。注意:需要root权限才能完成下面的安装,请咨询您的系统管理员。

    先了解libGLU.so.1在哪个包里提供,我用的是centos,所以用yum命令:

    1
    
    yum whatprovides libGLU.so.1

    在我这里提示由mesa-libGLU-9.0.0-4.el7.i686提供,所以再安装这个包:

    1
    
    yum install mesa-libGLU-9.0.0-4.el7.i686

    再安装mesa-libGLU-devel.x86_64:

    1
    
    yum install mesa-libGLU-devel.x86_64

1.4 相关教程

Gaussian公司官方教程:http://gaussian.com/g16/gv_install.pdf

二. Windows下的GaussView 6安装

Gaussian与GaussView的安装与普通的软件安装无区别:双击,按提示往前安装即可。GaussView可能与Gaussian一起安装,也可能分开安装在不同的机器上。比如Gaussian是Linux系统版本,而GaussView是Windows系统版本,此时:Gaussian与GaussView没有办法安装在一起,是分开安装的。在分开安装在不同机器的情况下,GaussView需要与另外一张光盘Gaussian Utilities一起安装。总的来说,先安装Gaussian或Gaussian Utilities,再安装GaussView。注意Gaussian Utilities区分32BIT与64BIT版本。

三. 教程的解说词

视频教程是英文的,所以附上了youtube自动生成的解说词,如果需要的话,请从我们的微信公众号(molcalx)上找对应主题获取。

四. 教程内容

第1讲:搭建分子

第2讲:进行Gaussian计算

第3讲:结果可视化

第4讲: 3D结果可视化

第5讲:光谱与绘图