摘要:GaussView 6系列教程,包含了5个视频、对应五个主题:(1)搭建分子;(2)Gaussian计算;(3)结果可视化;(4)3D结果可视化;(5)光谱与绘图。内容覆盖了如何画一个结构、生成计算作业、进行计算、结果分析与光谱计算等GaussView的入门教程。此外,还有GaussView 6的安装教程。
一. GaussView 6在Unix类系统下的安装与使用
1.1 安装GaussView 6
请先安装Gaussian或Utility,再安装GaussView,具体参见:《Gaussian教程 | Gaussian16的安装》
假设GaussView安装文件为gv.tgz,在安装完Gaussian之后,将GaussView解压到$g16root下即可,键入如下命令:
[tom@linuxbox ~]$ tar -zxf gv.tgz
总的来说,将GaussView解压到$g16root目录即可。
1.2 GaussView的使用
- 初始化g16的环境变量
- 使用GaussView 6
我们在安装Gaussian 16时设定了环境变量,使用GV6需要初始化这个环境变量,见Gaussian 16安装教程的第二节《Gaussian 16环境变量的设定》。在本例中,我把环境变量写在文件g16_env.sh里了,存放在“~”目录下。因此键入下面命令即可完成初始化:
完成初始化之后,就可以使用gv命令启用GaussView 6了。请在终端键入gv:
常见问题:为什么我用鼠标双击gview.exe后打不开GaussView。正确的用法是如上键入gv命令!
1.3 可能出现的情况
- 分子结构或分子表面展示不出来
- 系统提示没有gv命令
- gv6提示找不到Gaussian
- 出现错误提示:error while loading share libraries: libGLU.so.1
部分用户将GaussView 6安装在远程Linux服务器上,在Windows下通过Xwindows远程启用gv,发现读入分子结构或生成分子表面不正常:看不见化合物、需要移动一下鼠标才能看见等等。这是因为环境不支持OpenGL或者OpenGL没有安装,请联系您的系统管理员或Xwindows供应商解决相关问题。没有OpenGL时请使用soft选项启用GV: soft让GV不需要OpenGL也可以工作。
是因为没有初始化G16的环境变量g16.profile,请初始化,见1.2的第1节。
(1)请按照上述步骤先安装Gaussian 16或Gaussian Utility,再安装GaussView 6;(2)初始化G16环境变量;(3)再键入gv。
这说明系统没有安装显卡驱动,请参照《Linux命令极简教程》来进行安装。注意:需要root权限才能完成下面的安装,请咨询您的系统管理员。
先了解libGLU.so.1在哪个包里提供,我用的是centos,所以用yum命令:
1 | yum whatprovides libGLU.so.1 |
在我这里提示由mesa-libGLU-9.0.0-4.el7.i686提供,所以再安装这个包:
1 | yum install mesa-libGLU-9.0.0-4.el7.i686 |
再安装mesa-libGLU-devel.x86_64:
1 | yum install mesa-libGLU-devel.x86_64 |
1.4 相关教程
Gaussian公司官方教程:http://gaussian.com/g16/gv_install.pdf
二. Windows下的GaussView 6安装
Gaussian与GaussView的安装与普通的软件安装无区别:双击,按提示往前安装即可。GaussView可能与Gaussian一起安装,也可能分开安装在不同的机器上。比如Gaussian是Linux系统版本,而GaussView是Windows系统版本,此时:Gaussian与GaussView没有办法安装在一起,是分开安装的。在分开安装在不同机器的情况下,GaussView需要与另外一张光盘Gaussian Utilities一起安装。总的来说,先安装Gaussian或Gaussian Utilities,再安装GaussView。注意Gaussian Utilities区分32BIT与64BIT版本。
三. Gaussian自频道
Gaussian公司官方发布的GaussView与Gaussian入门教程,推荐阅读:https://i.youku.com/gaussian