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云E课堂（12月8日）｜云计算加速炼金术法FEP预测结合自由能

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本次直播将重点介绍Flare/FEP的特性，并以14个IC50跨度为1000倍的FXR激动剂为例，演示了如何使用Clou…
FLARE算例 | 炼金术法FEP预测FXR激动剂的结合自由能

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本文以D3R CG2的Free Energy Set 2数据集的14个IC50跨度为1000倍的FXR激动剂为例，分析了…
云计算教程 | 用FLARE FEP计算相对结合自由能

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已经有大量的算例表明，Flare FEP可以可靠地预测化合物的结合亲和力。本文演示了如何借助Cloudam云E算力平台j…
OpenEye案例 | 用FreeForm改善MM/PBSA计算结合自由能

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在本研究中，作者用MM/PBSA方法预测配体的EcR结合活性。首先 使用40个已知EcR配体的验证研究表明，当引入配体的…
FLARE案例 | WaterSwap计算BRD4抑制剂的结合自由能

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本文以几个结构多样的BRD4抑制剂为例，展示了FLARE的WaterSwap模块预测结合自由能的性能。结果表明，Wate…
Flare教程 | WaterSwap-如何整合公有云加速结合自由能的计算

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本文以Flare的WaterSwap计算结合自由能为例，介绍如何利用云计算资源解决突发性大规模的计算需求，内容包括：1）…
FLARE教程 | WaterSwap计算结合自由能

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WaterSwap是基于结构设计软件Flare的一个计算模块，专门用来计算配体-蛋白的结合自由能，它可以：1）研究配体结…
被高引用的论文是如何产生的？

被高引用的论文是如何产生的？

为庆祝2020年JCIM创刊60周年推出虚拟专刊，遴选出过去60年间在药物设计和化学信息学领域最具影响力的10篇论文，包…
Flare教程 | 自定义力场参数

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AMBER力场常用于分子动力学模拟与FEP计算，虽然GAFF力场对大部分体系计算精度足够，但是对于某些分子却不能良好地描…
“炼金术”自由能计算的最佳实践

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炼金术自由能计算是一种有用的工具，可用来预测与分子从一种环境转移到另一种环境时的自由能差异。该方法的标志是使用“桥接”势…

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