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在线研讨会（视频回放） | 在FEP结合自由能计算中自动确定最优λ规划

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本视频介绍了Flare自动确定FEP计算最佳λ的新方法。通过预计算获得相空间重叠矩阵可以发现λ值相距太远而无法良好收敛的…
云E课堂（12月8日）｜云计算加速炼金术法FEP预测结合自由能

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本次直播将重点介绍Flare/FEP的特性，并以14个IC50跨度为1000倍的FXR激动剂为例，演示了如何使用Clou…
FLARE算例 | 炼金术法FEP预测FXR激动剂的结合自由能

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本文以D3R CG2的Free Energy Set 2数据集的14个IC50跨度为1000倍的FXR激动剂为例，分析了…
云计算教程 | 用FLARE FEP计算相对结合自由能

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已经有大量的算例表明，Flare FEP可以可靠地预测化合物的结合亲和力。本文演示了如何借助Cloudam云E算力平台j…
OpenEye案例 | 用FreeForm改善MM/PBSA计算结合自由能

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在本研究中，作者用MM/PBSA方法预测配体的EcR结合活性。首先 使用40个已知EcR配体的验证研究表明，当引入配体的…
FLARE案例 | WaterSwap计算BRD4抑制剂的结合自由能

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本文以几个结构多样的BRD4抑制剂为例，展示了FLARE的WaterSwap模块预测结合自由能的性能。结果表明，Wate…
Flare教程 | WaterSwap-如何整合公有云加速结合自由能的计算

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本文以Flare的WaterSwap计算结合自由能为例，介绍如何利用云计算资源解决突发性大规模的计算需求，内容包括：1）…
FLARE教程 | WaterSwap计算结合自由能

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WaterSwap是基于结构设计软件Flare的一个计算模块，专门用来计算配体-蛋白的结合自由能，它可以：1）研究配体结…
用张力能评估构象稳定性及其在先导化合物优化中的应用——更多力场选择

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本文用两对化学结构仅一个原子差异但活性相差巨大的分子对为例，尝试用FreeForm以不同的力场计算张力能来解释活性差异的…
分子对接后处理——与指定残基发生特定相互作用配体的过滤

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分子对接后处理可以提高分子对接虚拟筛选的性能。本文分享了如何用Flare的Python API来实现可视化分析的自动化处…

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