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使用深度生成模型设计具有所需药效团的DDR1抑制剂

使用深度生成模型设计具有所需药效团的DDR1抑制剂

本文描述了如何联合使用LigandScout与REINVENT实现深度生成模型 (DGM) 设计具有所需药效团的DDR1…
药效团模型的分层图表示

药效团模型的分层图表示

对于蛋白-配体相互作用模式的研究，目前有各种各样的采样方法允许快速访问大规模数据。主要的例子是大量使用分子动力学模拟应用…
基于结构药物发现中的决策：对接结果的手工检查

基于结构药物发现中的决策：对接结果的手工检查

分子对接是一种广泛应用于药物发现的计算方法。由于分子对接固有的不精确性，结合模式的手工检查是计算药物化学家在决策过程中至…
数据库挖掘的启示：不同寻常的蛋白-配体相互作用有多重要？

数据库挖掘的启示：不同寻常的蛋白-配体相互作用有多重要？

我们提出了一种新方法，可以从PDB的挖掘中获得蛋白-配体原子对的相互作用倾向。为了确保得到可靠的统计，我们使用视线接触过…
新一代3D药效团模型

新一代3D药效团模型

3D药效团模型是生物活性构象的配体以化学方式定义的相互作用的三维集合。它以一种优雅的方式来解读化学编码的配体信息，因而在…
用分子动力学模拟评估药效团特征稳定性

用分子动力学模拟评估药效团特征稳定性

12个蛋白-配体体系的分子动力学模拟分别用于生成单一、基于结构的药效团模型，这些合并的模型联合使用了初始实验结构的信息与…
靶向NLRP3炎症小体的策略

靶向NLRP3炎症小体的策略

靶向NLRP3炎症小体(inflammasome)是一个爆炸性发展的研究领域。随着这一领域的热情日渐浓厚，几家公司最近开…
CDK7抑制剂用于癌症治疗：尝到成功的味道了吗？

CDK7抑制剂用于癌症治疗：尝到成功的味道了吗？

细胞周期依赖性激酶7(CDK7)由于其在转录和细胞周期进程中的双重作用而具有独特的功能。 CDK7在各种类型的癌症中普遍…
蛋白质结构的处理对于炼金术自由能计算准确度的影响

蛋白质结构的处理对于炼金术自由能计算准确度的影响

相对自由能微扰（FEP）方法在制药行业中变得越来越流行。 然而，尽管药物发现周期内存在时间限制，但在部署此类方法时应谨慎…
“炼金术”自由能计算的最佳实践

“炼金术”自由能计算的最佳实践

炼金术自由能计算是一种有用的工具，可用来预测与分子从一种环境转移到另一种环境时的自由能差异。该方法的标志是使用“桥接”势…

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