文献阅读 Archives - 墨灵格的博客

势能面——联系分子结构与能量的纽带

本文介绍了势能面与反应坐标的概念，以及势能面与结构、能量的关系。还讨论了结构、稳定性、反应性和选择性与能量之间的关系。

原创文章
小墨
文献阅读
2023-12-05
145
0

数据驱动的微扰网络生成用于相对结合自由能计算

在本文中，Mark为大家解释了FEP计算相对结合自由能的原理，总结了爱丁堡大学Scheen和Michel文章关于AI生成…

原创文章
小墨
Cresset
2022-10-28
1,987
2

基于结构药物设计中的静电互补性

在基于结构的药物发现中，静电互补性的优化是提高分子对特定蛋白靶标亲和力的重要策略。在本文中，作者列举了几个优化蛋白-配体…

原创文章
小墨
Cresset
2022-06-13
3,630
0

使用深度生成模型设计具有所需药效团的DDR1抑制剂

本文描述了如何联合使用LigandScout与REINVENT实现深度生成模型 (DGM) 设计具有所需药效团的DDR1…

原创文章
小墨
Ligandscout
2021-07-03
2,522
0

药效团模型的分层图表示

对于蛋白-配体相互作用模式的研究，目前有各种各样的采样方法允许快速访问大规模数据。主要的例子是大量使用分子动力学模拟应用…

原创文章
小墨
Ligandscout
2021-06-06
2,435
0

基于结构药物发现中的决策：对接结果的手工检查

分子对接是一种广泛应用于药物发现的计算方法。由于分子对接固有的不精确性，结合模式的手工检查是计算药物化学家在决策过程中至…

原创文章
小墨
Docking
2021-05-22
3,859
7

数据库挖掘的启示：不同寻常的蛋白-配体相互作用有多重要？

我们提出了一种新方法，可以从PDB的挖掘中获得蛋白-配体原子对的相互作用倾向。为了确保得到可靠的统计，我们使用视线接触过…

原创文章
小墨
文献阅读
2021-05-05
4,087
1

新一代3D药效团模型

3D药效团模型是生物活性构象的配体以化学方式定义的相互作用的三维集合。它以一种优雅的方式来解读化学编码的配体信息，因而在…

原创文章
小墨
Ligandscout
2021-04-17
5,789
3

用分子动力学模拟评估药效团特征稳定性

12个蛋白-配体体系的分子动力学模拟分别用于生成单一、基于结构的药效团模型，这些合并的模型联合使用了初始实验结构的信息与…

原创文章
小墨
Ligandscout
2021-04-11
2,974
0

靶向NLRP3炎症小体的策略

靶向NLRP3炎症小体(inflammasome)是一个爆炸性发展的研究领域。随着这一领域的热情日渐浓厚，几家公司最近开…

原创文章
小墨
target
2021-01-04
17,368
17

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数据驱动的微扰网络生成用于相对结合自由能计算

基于结构药物设计中的静电互补性

使用深度生成模型设计具有所需药效团的DDR1抑制剂

药效团模型的分层图表示

基于结构药物发现中的决策：对接结果的手工检查

数据库挖掘的启示：不同寻常的蛋白-配体相互作用有多重要？

新一代3D药效团模型

用分子动力学模拟评估药效团特征稳定性

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