水分子替换 Archives - 墨灵格的博客

将静电与水的分析作为基于结构设计的核心

Flare的蛋白相互作用势和配体场是理解配体-蛋白相互作用静电特性的有力方法。结合位点里的水分子对蛋白相互作用势的计算非…

NO155是诺华开发的First-In-Class选择性、可口服的SHP2别构抑制剂，具有理想的成药性值，是首个进入临床…

本文以KRAS共价抑制剂MRTX849的先导化合物优化为例，说明水分子替换策略在先导化合物优化过程中的重要性。与经典的分…

本文介绍了OpenEye SZMAP计算水分子位置及其热力学性质的原理，还介绍了水-中性水探针自由能差(n_ddG)的概…

在基于结构的药物设计领域中，蛋白质电负性原子与配体卤素原子之间的卤键相互作用日益受到关注。本文的研究者分析了配体卤原子和…

本文是对黄牛老师课题组水分子的卤键替换策略的实践，重现了论文中的AK算例：从复合物晶体结构(PDB code: 1LII…

SPARK水分子替换在之前的博文《SPARK教程|水分子替换》一文中的中描述了如何进行水分子替换优化化合物的活性，在当…

如何利用复合物晶体结构的水分子信息，从一个活性很弱的起始化合物出发，经过片段替换（骨架跃迁、侧链替换）大幅提高化合物的活…