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计算服务案例 | 用虚拟筛选识别有前途的癫痫抑制剂
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文章标签 "水分子替换"
将静电与水的分析作为基于结构设计的核心
Flare的蛋白相互作用势和配体场是理解配体-蛋白相互作用静电特性的有力方法。结合位点里的水分子对蛋白相互作用势的计算非…
小墨
Cresset
2022-02-04
943
0
SHP2别构抑制剂TNO155发现过程回顾与基于结构的SAR分析
NO155是诺华开发的First-In-Class选择性、可口服的SHP2别构抑制剂,具有理想的成药性值,是首个进入临床…
小墨
Cresset
2021-09-09
4,995
1
KRAS
G12C
共价抑制剂MRTX849先导化合物优化过程中的水分子替换
本文以KRAS共价抑制剂MRTX849的先导化合物优化为例,说明水分子替换策略在先导化合物优化过程中的重要性。与经典的分…
小墨
Cresset
2021-08-30
3,066
0
水分子替换导致BTK抑制剂活性下降100多倍的理论解释
本文介绍了OpenEye SZMAP计算水分子位置及其热力学性质的原理,还介绍了水-中性水探针自由能差(n_ddG)的概…
小墨
OpenEye
2021-08-02
2,076
2
结合位点水分子的卤键替换形成有利的相互作用
在基于结构的药物设计领域中,蛋白质电负性原子与配体卤素原子之间的卤键相互作用日益受到关注。本文的研究者分析了配体卤原子和…
原创文章
小墨
文献阅读
2019-10-01
2,953
0
用卤键替换水分子进行先导化合物结构优化
本文是对黄牛老师课题组水分子的卤键替换策略的实践,重现了论文中的AK算例:从复合物晶体结构(PDB code: 1LII…
原创文章
小墨
Ligandscout
2019-08-15
2,969
1
SPARK水分子替换(与Flare联合使用)
SPARK水分子替换 在之前的博文《SPARK教程|水分子替换》一文中的中描述了如何进行水分子替换优化化合物的活性,在当…
原创文章
小墨
Cresset
2019-05-13
1,977
0
教程 | SPARK替换结晶水分子
如何利用复合物晶体结构的水分子信息,从一个活性很弱的起始化合物出发,经过片段替换(骨架跃迁、侧链替换)大幅提高化合物的活…
小墨
Cresset
2017-06-15
3,435
2
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用自由能计算与生物等排体替换来进行SARS-Cov-2 M
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2023-06-01
Flare™V7.0发布——增强的分子对接、更好的QSAR建模与更精确的FEP与MD结果
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选择性CDK8抑制剂的骨架跃迁
2023-05-04
加速发现新型靶向蛋白降解疗法
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