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用子图分析识别和解决FEP中预测精度的变化

用子图分析识别和解决FEP中预测精度的变化

子图分析是一种非常有价值的方法，可以提高FEP计算的精度和可靠性，增强其在计算药物发现中的适用性。本文以PTP1B靶标和…
膜蛋白的自由能微扰计算——用Flare FEP精确地计算暴露于脂质与GPCR P2Y1界面上配体的结合亲合力

膜蛋白的自由能微扰计算——用Flare FEP精确地计算暴露于脂质与GPCR P2Y1界面上配体的结合亲合力

本案例研究展示了如何用Flare™ FEP1精确计算结合于P2Y1脂质和GPCR界面之间30个配体的结合亲和力。在本文的…
对最有前景的虚拟筛选苗头化合物进行优先级排序

对最有前景的虚拟筛选苗头化合物进行优先级排序

本文演示了如何连用Blaze与Flare对虚拟筛选苗头化合物进行优先级排序来发现靶向TYK2 JH1假激酶结构域的抑制剂…
警惕虚拟筛选性能测试的结论——选择合理的蛋白结构来提高富集性能

警惕虚拟筛选性能测试的结论——选择合理的蛋白结构来提高富集性能

本文以DUD-E的靶标HIV PR为例，演示了蛋白结构选择对虚拟筛选性能的影响。具体的讲，当使用PDB 1XL2作为分子…
用数据融合增强分子对接的虚拟筛选性能

用数据融合增强分子对接的虚拟筛选性能

本文以DUD-E的EGFR子集为例，在Flare Docking的虚拟筛选模式下对Actives与Decoys进行了分子…
在Flare™中用RDKit指纹与2D描述符建立QSAR模型

在Flare™中用RDKit指纹与2D描述符建立QSAR模型

在本文中，我们演示了如何用Flare的QSAR建模功能，导入RDKit指纹与2D分子描述符用于机器学习方法SVM建立血脑…
在Flare里创建肽类分子

在Flare里创建肽类分子

在本文中，我们介绍了Flare肽编辑器的功能。具体地讲，我们以人工非糖甜味剂天冬氨酸苯丙氨酸二肽的甲酯（阿斯巴甜）为例，…
使用Flare的组合库枚举器（Library enumerator）进行化学修饰

使用Flare的组合库枚举器（Library enumerator）进行化学修饰

在基于配体和基于结构设计方法中，配体的互变异构体和质子化状态的正确归属对于分子建模实验的成功是至关重要的，因为它可能对配…
用自由能计算与生物等排体替换来进行SARS-Cov-2 M<sup>pro</sup> 半胱氨酸蛋白酶抑制剂的识别研究

用自由能计算与生物等排体替换来进行SARS-Cov-2 Mpro 半胱氨酸蛋白酶抑制剂的识别研究

本文以SARS-CoV-2的3CL Mpro非共价抑制剂为例，演示了如何协同使用Flare FEP与Spark以加速新的…
Flare™V7.0发布——增强的分子对接、更好的QSAR建模与更精确的FEP与MD结果

Flare™V7.0发布——增强的分子对接、更好的QSAR建模与更精确的FEP与MD结果

Flare是Cresset基于配体和基于结构的建模平台，本文介绍了最新版本V7全新的、增强的科学和方法，包括用大正则非平…

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