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Flare算例 | BTK共价抑制剂的设计

最新Flare算例 | BTK共价抑制剂的设计

已上市的或正在研发中的共价化合物数量表明药物化学重新引起了人们对靶向共价抑制剂的兴趣。 本文以Bruton酪氨酸激酶（B…
网络研讨会 | 简化你的共价抑制剂设计(附视频回放)

网络研讨会 | 简化你的共价抑制剂设计(附视频回放)

近年来，共价抑制剂已成为药物发现中的一种流行方法。将配体共价结合到蛋白靶标上可能会带来药效和药代动力学优势，但同时也化合物必须具有选择性以减轻脱靶反应。本次网络研讨将重点介绍如何使用Flare和Lea…
Flare教程 | 自定义力场参数

Flare教程 | 自定义力场参数

AMBER力场常用于分子动力学模拟与FEP计算，虽然GAFF力场对大部分体系计算精度足够，但是对于某些分子却不能良好地描…
云E课堂（12月8日）｜云计算加速炼金术法FEP预测结合自由能

云E课堂（12月8日）｜云计算加速炼金术法FEP预测结合自由能

本次直播将重点介绍Flare/FEP的特性，并以14个IC50跨度为1000倍的FXR激动剂为例，演示了如何使用Clou…
网络研讨会｜用FEP配体亲和力的高精度预测来简化分子设计（附视频回放）

网络研讨会｜用FEP配体亲和力的高精度预测来简化分子设计（附视频回放）

配体相对结合亲和力的准确预测在药物发现领域越来越普遍，以帮助确定化合物的合成优先顺序。在此网络研讨会中，我们将简要介绍自由能微扰（FEP）方法，以及确保成功进行模拟所需的先决条件。然后，我们将演示Fl…
FLARE算例 | 炼金术法FEP预测FXR激动剂的结合自由能

FLARE算例 | 炼金术法FEP预测FXR激动剂的结合自由能

本文以D3R CG2的Free Energy Set 2数据集的14个IC50跨度为1000倍的FXR激动剂为例，分析了…
云计算教程 | 用FLARE FEP计算相对结合自由能

云计算教程 | 用FLARE FEP计算相对结合自由能

已经有大量的算例表明，Flare FEP可以可靠地预测化合物的结合亲和力。本文演示了如何借助Cloudam云E算力平台j…
用常规分子对接进行共价抑制剂的虚拟筛选

用常规分子对接进行共价抑制剂的虚拟筛选

本文演示了如何用受体立体碰撞消除（SCAR）法进行共价抑制剂的分子对接虚拟筛选：将常规分子对接虚拟筛选与Ligandsc…
2019-nCoV 3CL水解酶与抑制剂的复合物结构

2019-nCoV 3CL水解酶与抑制剂的复合物结构

由上海科技大学饶子和/杨海涛课题组测定的2019-nCoV冠状病毒3CL水解酶(Mpro)的高分率晶体结构于2020年2…
势能面扫描在Torsion Profile中的应用

势能面扫描在Torsion Profile中的应用

降低小分子内能对设计有效的药物至关重要。扭转角特征分析(Torsion profile)围绕可旋转键按一定步长旋转360…

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