Molecular Dynamics

蛋白质动力学和药物发现——通过主成分分析提升项目开发

蛋白质动力学和药物发现——通过主成分分析提升项目开发

本文探讨了主成分分析（PCA）在蛋白质分子动力学（MD）模拟和药物发现中的应用。 ...

膜蛋白的自由能微扰计算——用Flare FEP精确地计算暴露于脂质与GPCR P2Y1界面上配体的结合亲合力

膜蛋白的自由能微扰计算——用Flare FEP精确地计算暴露于脂质与GPCR P2Y1界面上配体的结合亲合力

本案例研究展示了如何用Flare™ FEP1精确计算结合于P2Y1脂质和GPCR界面之间30个配体的结合亲和力。 ...

Flare™V7.0发布——增强的分子对接、更好的QSAR建模与更精确的FEP与MD结果

Flare™V7.0发布——增强的分子对接、更好的QSAR建模与更精确的FEP与MD结果

Flare是Cresset基于配体和基于结构的建模平台，本文介绍了最新版本V7全新的、增强的科学和方法，包括用大正则非平 ...

利用Flare™中的分子动力学模拟深入了解膜蛋白复合物

利用Flare™中的分子动力学模拟深入了解膜蛋白复合物

本文介绍了Flare MD模拟对膜蛋白模拟支持的一些特性。 ...

用分子动力学模拟生成蛋白构象系综以用于生物学更加合理的分子对接实验

用分子动力学模拟生成蛋白构象系综以用于生物学更加合理的分子对接实验

在本月初的网络研讨会上，我们展示了Flare中的分子动力学模拟和对接如何作为一种先进的研究技术而协同工作。 ...

用分子动力学模拟生成蛋白构象系综用于对接实验更具生物学合理性

用分子动力学模拟生成蛋白构象系综用于对接实验更具生物学合理性

对接是一种利用蛋白结构产生配体结合模式(pose)并对所产生的相互作用进行打分的方法。 ...

联合使用3D-RISM与GIST计算密闭结合位点里水的热力学性质

联合使用3D-RISM与GIST计算密闭结合位点里水的热力学性质

在本文中，我们提出了一种新的结合位点水热力学性质计算方法，也就是使用基于XED力场的3D-RISM来放置初始的水分子位置 ...