摘要：本教程展示了如何用Ligandscout生成配体-蛋白相互作用2D图，并用鼠标编辑氨基酸的位置，保存为图片，调整图片的分辨率。

1KE6 2D相互作用图

一. 背景

常有人问：如何用2D图展示配体-受体的相互作用？这里，我推荐用Liganscout来绘制相互作用图2D图。

二. 操作步骤

根据不同的情况：1）从PDB数据库获取复合物结构；2）配体分子的pose是用分子对接、分子叠合等获得的结果。

1. 从PDB数据库获得复合物结构

  • 生成基于结构的药效团

    • 同基于结构的药效团一样，直接输入PDB code，准备基于结构的药效团，会自动的生成相互作用2D图，具体操作见：

    Ligandscout基于结构的药效团建模：http://blog.molcalx.com.cn/2016/09/03/ligandscout-tutorial-structure-based.html

  • 编辑、生成特定分辨率的2D相互作用图

    • Ligandscout的2D相互作用图是可以用鼠标编辑的：在2D图上，用右键按住一个氨基酸，可以移动该氨基酸残基。你可以调整残基的布局直到满意为止。

    Ligandscout 3DKT： 2D相互作用图

    图1. Ligandscout生成的2D相互作用图，用鼠标右键按住残基，可以调整位置

  • 保存2D相互作用图

    • 菜单：File>Save as file，设置文件类型为Image File(见图2)，并选择一个文件类型（见图3），比如PNG（见图4）。

    Ligandscout教程：保存为图像文件

    图2. 选择文件类型为Image File

    Ligandscout教程：保存2D图形、并设分辨率

    图3. 选择图像格式，比如PNG，并设定图像的分辨率

2. 用分子对接等获得配体的pose

操作步骤如下：

  1. 下载PDB，定义结合位点

    2. 同上一个方法，总的来说，需要定义结合位点。

  2. 插入pose

    3. File | Insert 插入对接生成的pose，并生成基于结构的药效团

  3. 生成、保存2D-相互作用图

    4. 同上一种情况的操作。

三. 分享几张2D图

1KE6 2D相互作用图

图4. PDB code 1KE6

Ligandscout 2D 相互作用： 1IEP

图5. PDB code 1IEP

四. 获取Ligandscout试用