摘要:CONFLEX具有构象异构体聚类的功能,本文演示了如何用CONFLEX对构象进行聚类以获得代表性、多样的低能构象。
前言
CONFLEX具有构象异构体聚类的功能。CONFLEX手册的第40页中概述了相关的关键字,示例数据文件位于下面目录中:
1 | Sample_Files/CONFLEX/clustering |
本文的主要目的是演示如何使用CONFLEX的Cluter关键词对构象进行聚类。
算例
算例包含几个文件:clus-BGLU.fxf, clus-BGLU.ini与clus-BGLU.mol。其中,clus-BGLU.mol为用于构象搜索的分子结构(β-葡萄糖);clus-BGLU.fxf为构象搜索后的坐标数据文件,包含了220个构象的坐标数据;clus-BGLU.ini是进行构象聚类计算的输入文件,内容如下:
1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 | MMFF94S CONFLEX NOSEARCH CLUSTERING CCLUS_DISTANCE=TORSION CCLUS_LIMIT=10.0 CCLUS_NREF=6 CCLUS_IREF=(1,2) CCLUS_IREF=(2,10) CCLUS_IREF=(10,11) CCLUS_IREF=(11,3) CCLUS_IREF=(3,4) CCLUS_IREF=(4,1) |
其中第1行的关键词”CONFLEX”与“NOSEARCH”的意思是:构象坐标包含在前面所述的同名.fxf文件里,并且在本次计算不再进行构象搜索。
其中第2行的关键词”CLUSTERING”(“CLUSTER”也可以)指示CONFLEX对构象进行聚类。
其中第3行的关键词”CCLUS_DISTANCE=TORSION”的意思是构象之间的距离用两面角RMS差来定义。
在本算例中,共6个键(CCLUS_NREF=6)用来定义参比两面角:O1-C2 (CCLUS_IREF=(1,2)), C2-C10, C10-C11, C11-C3, C3-C4以及C4-O1。聚类的阈值设定为10.0(CCLUS_LIMIT=10.0)。
准备好上述文件之后,可以开始聚类,键入命令:
1 | /usr/local/conflex/bin/flex8c.Linux.exe -par /usr/local/conflex/par clus-BGLU |
结果分析
计算完毕,生成几个新的文件:clus-BGLU-C.sdf与clus-BGLU.clu(已经准备好在示例目录的output folder目录里)。
其中clus-BGLU.clu为聚类分析的汇总信息,部分关键内容截取如下:
1 2 3 4 5 6 7 8 | ... 24120 ============================================================================== 24121 DISTANCE THRESHOLD= 10.00 24122 NCLUSTERS= 7 24123 SIZE= 122 24124 22 3 1 28 21 4 24125 12 13 2 59 14 127 ... |
其中”NCLUSTERS= 7″意思是本机聚类计算得到的7组(类)构象集;
其中”SIZE= “的意思是该组/类构象所包含的构象数(本例为122);
在每组构象里最稳定的构象异构体输出到clus-BGLU-C.sdf,检查该文件发现有7个构象。