摘要：CONFLEX具有构象异构体聚类的功能，本文演示了如何用CONFLEX对构象进行聚类以获得代表性、多样的低能构象。

前言

CONFLEX具有构象异构体聚类的功能。CONFLEX手册的第40页中概述了相关的关键字，示例数据文件位于下面目录中：

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Sample_Files/CONFLEX/clustering

本文的主要目的是演示如何使用CONFLEX的Cluter关键词对构象进行聚类。

算例

算例包含几个文件：clus-BGLU.fxf, clus-BGLU.ini与clus-BGLU.mol。其中，clus-BGLU.mol为用于构象搜索的分子结构(β-葡萄糖);clus-BGLU.fxf为构象搜索后的坐标数据文件，包含了220个构象的坐标数据；clus-BGLU.ini是进行构象聚类计算的输入文件，内容如下：

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MMFF94S  CONFLEX NOSEARCH
CLUSTERING
CCLUS_DISTANCE=TORSION
CCLUS_LIMIT=10.0
CCLUS_NREF=6
CCLUS_IREF=(1,2)
CCLUS_IREF=(2,10)
CCLUS_IREF=(10,11)
CCLUS_IREF=(11,3)
CCLUS_IREF=(3,4)
CCLUS_IREF=(4,1)

其中第1行的关键词"CONFLEX"与“NOSEARCH”的意思是：构象坐标包含在前面所述的同名.fxf文件里，并且在本次计算不再进行构象搜索。

其中第2行的关键词"CLUSTERING"（“CLUSTER”也可以）指示CONFLEX对构象进行聚类。

其中第3行的关键词"CCLUS_DISTANCE=TORSION"的意思是构象之间的距离用两面角RMS差来定义。

在本算例中，共6个键(CCLUS_NREF=6)用来定义参比两面角:O1-C2 (CCLUS_IREF=(1,2)), C2-C10, C10-C11, C11-C3, C3-C4以及C4-O1。聚类的阈值设定为10.0(CCLUS_LIMIT=10.0)。

准备好上述文件之后，可以开始聚类，键入命令：

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/usr/local/conflex/bin/flex8c.Linux.exe -par /usr/local/conflex/par clus-BGLU

结果分析

计算完毕，生成几个新的文件：clus-BGLU-C.sdf与clus-BGLU.clu(已经准备好在示例目录的output folder目录里)。

其中clus-BGLU.clu为聚类分析的汇总信息，部分关键内容截取如下：

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...
24120 ==============================================================================
24121 DISTANCE THRESHOLD=   10.00
24122 NCLUSTERS=     7
24123 SIZE=   122
24124           22           3           1          28          21           4
24125           12          13           2          59          14         127
...

其中"NCLUSTERS= 7"意思是本机聚类计算得到的7组(类)构象集；

其中"SIZE= "的意思是该组/类构象所包含的构象数(本例为122)；

在每组构象里最稳定的构象异构体输出到clus-BGLU-C.sdf，检查该文件发现有7个构象。