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使用Flare™ FEP进行精确结合亲和力的计算——三个GPCR基准测试结果令人鼓舞
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文章标签 "binding affinity"
配体熵很难但不应被忽略
如果采取适当的措施,对接预测的结合模式和亲和力是可以精确计算的。在柔性配体结合时,因构象自由度限制导致的结合能熵惩罚在计…
原创文章
小墨
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2024-03-30
771
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如何用静电互补性打分
静电互补性打分(EC Score)的基本思想是:当配体和受体的静电势匹配时(即具有相同的量值和相反的符号),实现配体和受…
原创文章
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2019-05-01
3,661
1
关于用分子对接预测结合亲和力的问题
人们喜欢用分子对接预测化合物的结合亲和力以解释化合物的活性差异。经常有人吐槽:对接对化合物活性排序非常不准。因此本文的主…
原创文章
小墨
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2019-04-30
18,918
7
用静电互补性快速、高效地优化配体-蛋白复合物的结合与选择性
小分子与其受体之间的静电相互作用对于分子识别是必不可少的。理想情况下,蛋白-配体的静电势应最大化其互补性,同时最大限度地…
原创文章
小墨
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2019-04-04
4,684
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Flare教程 | WaterSwap-如何整合公有云加速结合自由能的计算
本文以Flare的WaterSwap计算结合自由能为例,介绍如何利用云计算资源解决突发性大规模的计算需求,内容包括:1)…
原创文章
小墨
Cresset
2018-02-14
4,728
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蛋白质动力学和药物发现——通过主成分分析提升项目开发
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超大化学空间3D虚拟筛选新模式
2024-07-17
计算大环ALK抑制剂的全局构象张力能
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