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警惕虚拟筛选性能测试的结论——选择合理的蛋白结构来提高富集性能

警惕虚拟筛选性能测试的结论——选择合理的蛋白结构来提高富集性能

本文以DUD-E的靶标HIV PR为例，演示了蛋白结构选择对虚拟筛选性能的影响。具体的讲，当使用PDB 1XL2作为分子…

原创文章
小墨
Benchmarking
2023-09-13
1,589
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Flare™系综共价对接

系综共价对接（Ensemble Covalent Docking）是Flare最近引入的一个新功能。本文以脯氨酰寡肽酶（…

原创文章
小墨
Cresset
2023-08-06
820
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用分子动力学模拟生成蛋白构象系综以用于生物学更加合理的分子对接实验

用分子动力学模拟生成蛋白构象系综以用于生物学更加合理的分子对接实验

在本月初的网络研讨会上，我们展示了Flare中的分子动力学模拟和对接如何作为一种先进的研究技术而协同工作。在传统的对接模…

原创文章
小墨
Cresset
2023-04-23
2,197
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用分子动力学模拟生成蛋白构象系综用于对接实验更具生物学合理性

用分子动力学模拟生成蛋白构象系综用于对接实验更具生物学合理性

对接是一种利用蛋白结构产生配体结合模式(pose)并对所产生的相互作用进行打分的方法。在药物发现中，该方法广泛用于筛选分…

原创文章
小墨
Cresset
2022-10-26
3,297
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用多个蛋白信息来提高用单一蛋白结构分子对接虚拟筛选的性能

用多个蛋白信息来提高用单一蛋白结构分子对接虚拟筛选的性能

本文以PDE5A数据集为例，比较了使用单一apo结构的FRED分子对接虚拟筛选与使用多个holo结构的HYBRID分子对…

小墨
Benchmarking
2022-03-02
2,951
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用系综虚拟筛选策略提高基于药效团模型的虚拟筛选性能——PDE5A抑制剂虚拟筛选案例分析

用系综虚拟筛选策略提高基于药效团模型的虚拟筛选性能——PDE5A抑制剂虚拟筛选案例分析

人们已经证明系综虚拟筛选策略可以提高基于配体与基于分子对接虚拟筛选方法的性能，但能否提高基于药效团虚拟筛选方法的性却没有…

小墨
Benchmarking
2022-01-25
3,610
2