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2025年的FEP:我们需要一个更大的药物发现工具箱
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利用自由能微扰(FEP)预测大环JAK2抑制剂Pacritinib衍生物的结合亲合力
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计算大环ALK抑制剂的全局构象张力能
本文以大环ALK抑制剂Lorlatinib发现过程中活性差异20倍的一个分子对为例,演示了它们的构象张力能计算以评估其结 ...
用计算构象预组织对大环CDK2抑制剂设计进行优先级排序
在本文中,我们用计算构象预组织(conformational pre-organization)分析了活性跨度为2个数量 ...
用计算方法研究大环分子的构象预组织——BCL6抑制剂的案例分析
本文介绍了构象预组织概念、理论计算方法及其在药物设计中的应用。 ...
噁拉戈利(Elagolix)阻转异构体的QM扭转角分析
本文介绍了阻转异构体的概念,并以抗痛经药物噁拉戈利(Elagolix)为例,演示了如何用Flare QM对模型分子进行扭 ...
鸡蛋花素的ECD光谱计算
本文以(+)-鸡蛋花素的绝对构型确证为例介绍了如何通过Flare 构象搜索与Flare QM进行ECD光谱计算,具体步骤 ...
分子内硫-孤对电子相互作用
本文以一对结构仅一个原子差异但活性有65倍差异的Factor Xa抑制剂为例,分别用GNINA分子对接与Flare QM ...
用QM构象张力能来对多样的生物等排体母核进行优先级排序
本文介绍一个基于Flare QM的工作流来对不同母核化合物进行构象张力能计算,包括下面步骤:对化合物进行穷尽构象搜索、在 ...
QM扭转角分析——控制依鲁替尼芳香轴构象提高靶标选择性
在本文中,我们用Flare QM对Ibrutinib及其构象控制的衍生物进行了QM扭转角分析,绘制扭转角-激酶活性图。 ...
用扭转角分析解释完美的结合模式、实测活性令人失望的现象
本文用一对结合构象稳定、结合模式一致、分子对接打分区分不开活性的BAZ2A/B抑制剂5、7为例,模拟了结合模式完美、打分 ...
在基于结构的设计中用QM扭转角分析研究构象效应
GSK的Senger等人结合结构生物学与量子化学计算方法,确认了一对仅一个价键差异的分子,其20多倍的生物活性差异是由构 ...
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