摘要：本文预告了Flare V8的新增功能与特性。

Flare V8新特性介绍-墨灵格的博客

1. 新增MM/GBSA单点打分计算配体-蛋白质复合物的结合自由能

  • 从Flare GUI对几百个分子打分，从命令行对几千个分子打分
  • 配体的力场支持OpenFF或Amber GAFF/GAFF2
  • 支持隐式溶剂或者真空
  • 支持在打分前最小化蛋白-配体复合物、仅蛋白或配体或跳过最小化

2. Flare FEP的适用范围显著扩大，新增对不同净电荷配体微扰网络的支持

3. FEP分析工具添加新方法

  • 新的扭转角绘图以识别分子起点与终点之间出现的显著构象变化
  • 新的相互作用表以监控在每对分子转化lambda窗口期间每个配体与邻近分子（蛋白、水、辅因子等）的相互接触
  • 新的收敛图以评估FEP模拟的可靠性与收敛

4. 新的自定义参数功能，使用DFT//GFN2-xTB、GFN2-xTB或ANI-2X方法计算和可视化小分子的精确自定义力场参数

5. GIST水分析方法新增巨正则非平衡候选蒙特卡罗(GCNCMC)选项

6. 增强了分子动力学模拟

  • 无配体的活性口袋支持GCNCMC
  • 新增“回转半径”（Radius of Guration,RG）图用于监测蛋白质在整个动力学轨迹中的压缩/折叠变化
  • 增强相互作用分析，报告有利的配体-水相互作用

7. 增强的分子对接与打分函数

  • 增加了新的共价弹头
  • 高级选项新增了母核约束：例如根据共晶配体指定子结构来约束对接实验的构象

8. 配体QM计算

  • HOMO与LUMO轨道的计算与呈现
  • 新增Dunning弥撒基组

9. 蛋白与同源建模的新增与增强功能

  • 遍历选定残基侧链的可选构象
  • 导入/导出FASTA与ClustalW序列
  • 对选定的残基或整个链进行突变，以匹配另一个序列比对过的蛋白质链的序列
  • 新的“频率标识（Frequency Logo）”直观地映射了序列比对的一致性和多样性
  • 对选定的残基或整个链进行重新编号，选择是否对gap进行重新编号，并指定插入代码以避免重复编号
  • 在蛋白/肽的创建或生长时可选择是否作为β折叠或α螺旋进行创建或生长

10. 增强了组合库枚举

  • 新增100多个反应以覆盖不同类型的化学
  • 新增“Search reaction”以快速找到想要的反应

11. 增强了R基团分析

  • 增强了RGA箱体图，显示母核结构时可展示连接点编号以方便感兴趣R基团的对应关系
  • 在保持R基团分析结果表单打开的情况下与Flare进行互动

12. 新增自定义Flare功能区选项卡的配置文件

  • 选择一个默认的配置以与当前Flare license匹配
  • 创建自己的自定义配置文件以便仅仅呈现所需的选项卡、按钮与自定义外观

13. 配体表中的子结构过滤新增“Is/Is Not”逻辑，使搜索到结构能够精确匹配

14. 在Flare偏好设置里自定义蛋白飘带的厚度与宽度

15. 选择一列或多列用作散点图注释标签

16. 列和活性编辑器（Column & Activity Editor）新增“更新RDKit描述符（Update RDKit Descriptors）”功能，用于重新计算导入的RDKit描述符

17. 新的分组（Group by）功能，可以根据配体表单列中的值对所有配体进行分组

18. 增强了配体准备：新增选项用于为所有正在进行准备的配体生成最小化3D构象

19. Flare新增选项可以用来打开Spark™ V10.7项目

20. Pyflare新增脚本与增强的功能

  • 新增mmgbsa.py脚本以用于命令行MM/GBSA计算
  • 增强了ligprep.py配体结构准备，新增对结构脱盐选项
  • 增强了gist.py脚本，新增支持GCNCMC选项
  • 增强了dynamics.py脚本，支持在无配体活性里使用GCNCMC
  • 增强了fepcreate.py与feprun.py脚本，支持电荷变化的微扰
  • 增强了qm.py脚本，可以绘制HOMO/LUMO表面以及使用Dunning弥撒基组

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