计算方法用于配体-蛋白质相互作用排序和结合亲和力预测——哪种方法适合您？

计算方法用于配体-蛋白质相互作用排序和结合亲和力预测——哪种方法适合您？

本文系统综述了计算化学在药物发现中用于评估配体–蛋白相互作用和优化配体的主要方法。 ...
用POSIT解决Boltz等AI结构预测中的配体化学问题

用POSIT解决Boltz等AI结构预测中的配体化学问题

前言 自由能微扰（FEP）被认为是估算小分子结合亲和力的金标准模拟方法，该指标对药物发现至关重要。 ...
FEP与3D-QSAR相结合的主动学习范式分析

FEP与3D-QSAR相结合的主动学习范式分析

本文用腾讯元宝（DeepSeek-R1）对《用3D-QSAR主动学习FEP对药物化学生物等排体进行优先级排序》一文的主动 ...
利用自由能微扰（FEP）预测大环JAK2抑制剂Pacritinib衍生物的结合亲合力

利用自由能微扰（FEP）预测大环JAK2抑制剂Pacritinib衍生物的结合亲合力

帕克替尼（Pacritinib）是一种可口服的、靶向JAK2的大环类抑制剂，在治疗骨髓纤维化方面已显示出疗效。 ...
在线会议 | 3D-QSAR与FEP联用主动学习对生物等排体进行优先级排序

在线会议 | 3D-QSAR与FEP联用主动学习对生物等排体进行优先级排序

邀请请您参加2025年2月27日北京时间晚10：00的在线会议《用3D-QSAR主动学习FEP对药物化学生物电子等排体进 ...
自适应Lambda调度——一种提高自由能微扰模拟计算效率的方法

自适应Lambda调度——一种提高自由能微扰模拟计算效率的方法

近年来，算力的可用性增加改善了配体-蛋白质相对结合自由能（relative binding free energy，RB ...
用Flare FEP计算预测HPK1抑制剂的结合自由能

用Flare FEP计算预测HPK1抑制剂的结合自由能

HPK1作为一种靶标，其特征在于结合口袋具有较高的构象柔性，并涉及到溶剂化作用的影响，这为使用自由能微扰（FEP）方法预 ...
3D-QSAR与FEP联用主动学习对药物化学生物等排体进行优先级排序

3D-QSAR与FEP联用主动学习对药物化学生物等排体进行优先级排序

生物等排体替换（Bioisostere replacement）是在药物发现中用于优化候选分子活性和选择性的一个强大且流 ...
Flare™ FEP——模拟电荷变化以及更新的分析功能

Flare™ FEP——模拟电荷变化以及更新的分析功能

Flare V9的一个更新是Flare™ FEP支持在同一计算中处理不同电荷状态的配体。 ...
蛋白质动力学和药物发现——通过主成分分析提升项目开发

蛋白质动力学和药物发现——通过主成分分析提升项目开发

本文探讨了主成分分析（PCA）在蛋白质分子动力学（MD）模拟和药物发现中的应用。 ...

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