本文演示了如何用Forge展示结构修饰对分子静电势的影响。
FieldTemplater是药物设计软件Forge里生成场药效团模型的模块,它以几个活性化合物为输入条件产生药效团模型(Template)、预测化合物的生物活性构象。本文介绍了FieldTempla…
如何利用复合物晶体结构的水分子信息,从一个活性很弱的起始化合物出发,经过片段替换(骨架跃迁、侧链替换)大幅提高化合物的活性?本文用Cresset SAPRK软件的生物等排替换功能, 以选择性BTK(B…
Activity Atlas是一种定性构效关系分析方法:研究其静电、形状、疏水性质与活性的函数关系。它用三种分析回答三个基本问题:1) 平均活性分析:活性化合物的公共属性;2)活性悬崖:结构是如何影响…
kNN方法是一种著名、健壮的距离学习方法,当传统的2D与3D-QSAR方法建立不出QSAR模型时采用kNN QSAR模型无疑是最好的选择。本教程介绍了kNN QSAR模型的基本原理、使用kNN QSA…
目前HIV治疗方案产生了大量耐药株和累积毒性,因此迫切需要发展抑制HIV-1复制的新型药物。HIV-1进入抑制是一个引人注目却尚未开发的治疗方法。作者使用场技术(field technology)预测…
2016年11月23日《3D-QSAR与骨架跃迁培训班》以实用为宗旨、解决实际科研问题为出发点设计培训内容。在本培训班中,可以学习到如何建立3D-QSAR模型、指导新化合物的设计、预测新化合物的活性以…
Torch是Cresset公司专为药物化学家而定制的药物设计软件,可以用来进行化合物的构象搜索、分子叠合、分子形状与静电场比较、SAR(活性悬崖分析)等。本教程演示了如何用Torch进行分子叠合:将一…
Torch是专为药物化学科研人员设计的药物设计软件,提供了方便的计算工具进行化合物构象搜索、分子叠合、分子形状与静电场比较、活性悬崖分析。药物总是以3D构象与靶点相互作用,因此化学的3D结构是非常重要…
本教程以COX-2抑制剂为例,演示了如何用Forge建立3D-QSAR模型的流程:1)导入参比化合物;2)导入训练集化合物与3)测试集化合物;4)自动构象搜索、分子叠合,PLS分析,生成模型与模型验证…

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