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关于用分子对接预测结合亲和力的问题

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人们喜欢用分子对接预测化合物的结合亲和力以解释化合物的活性差异。经常有人吐槽：对接对化合物活性排序非常不准。因此本文的主…
Lead Finder 分子对接性能测试

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本文用CASF-2013数据集测试了Lead Finder的采样性能与打分性能。结果表明：重复进行3次计算，取打分最高前…
Flare 教程 | 分子对接-结合模式预测

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本教程演示了Flare的对接计算流程，包括：1）PDB文件下载；2）受体、配体结构准备；3）配体的导入；4）分子对接计算…
十种分子对接软件的性能评估

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在本研究中，以PBDbind数据库(2014版)的2002个蛋白-配体复合物结构作为测试用数据集，评估了10个分子对接软…
虚拟筛选-分子对接还是药效团？

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药效团与分子对接技术是常用的两种数据库虚拟筛选方法，那么到底哪种方法更好、还是各有优势呢？中国科学院上海药物所药物发现与…
分子对接教程–用FRED进行虚拟筛选

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FRED是OpenEye OEDocking软件包的一个分子对接程序，它将化合物数据库对接到一个受体口袋里进行结合模式预…
LigandScout教程–VINA分子对接

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Ligandscout是非常专业、易用的药物设计平台， 除了药效团建模与虚拟筛选外，还整合了分子对接软件AutoDock…
FLARE V3特性预告：新技术与性能提升

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本文预告了Flare V3的部分新功能与性能改进。自由能微扰(FEP)计算相对结合自由能是该版本的最大亮点，已经用多种数…
OpenEye案例 | 和记黄埔强效、高选择性的PI3Kγ/δ双重抑制剂

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喹唑啉酮是选择性PI3Kγ与PI3Kδ抑制剂的公共片段，在本研究中和记黄埔的科研人员用片段替换软…
OpenEye案例 | 用FreeForm改善MM/PBSA计算结合自由能

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在本研究中，作者用MM/PBSA方法预测配体的EcR结合活性。首先 使用40个已知EcR配体的验证研究表明，当引入配体的…

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