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用SPARK基团替换策略重现深度学习DDR1抑制剂的发现

用SPARK基团替换策略重现深度学习DDR1抑制剂的发现

本文以DDR1抑制剂Ponatinib为起始化合物，用SPARK对其进行了基团替换计算实验。结果表明，SPARK在不到1…
用ADMET Predictior与SPARK重现和记黄埔的PI3Kγ/δ双重抑制剂优化的过程

用ADMET Predictior与SPARK重现和记黄埔的PI3Kγ/δ双重抑制剂优化的过程

以临床药物为先导化合物进行DMPK、结合亲和力与选择性优化是药物发现的一个策略。本文用ADMET Predictor与S…
OpenEye案例 | 和记黄埔强效、高选择性的PI3Kγ/δ双重抑制剂

OpenEye案例 | 和记黄埔强效、高选择性的PI3Kγ/δ双重抑制剂

喹唑啉酮是选择性PI3Kγ与PI3Kδ抑制剂的公共片段，在本研究中和记黄埔的科研人员用片段替换软…
诺华生物医学研究院用SPARK发现全新的LpxC抑制剂

诺华生物医学研究院用SPARK发现全新的LpxC抑制剂

诺华生物医学研究院使用骨架跃迁软件Spark对图1化合物6的吲唑母核进行骨架替换以发现代替品。经过对最有希望的、打分靠前…
AutoT&T 2.0-高效的药物分子从头设计软件

AutoT&T 2.0-高效的药物分子从头设计软件

AutoT&T(Automatic Tailoring and Transplanting)是一款具有我国自主知识产权的…
SPARK教程 | 共价结合抑制剂的骨架跃迁

SPARK教程 | 共价结合抑制剂的骨架跃迁

本文以EGFR激酶共价抑制剂Afatinib为例，描述了如何用SPARK的共价药效团特征进行共价抑制剂弹头的结构替换（跃…
案例 | 骨架跃迁发现发现新型选择性LSD1抑制剂(JMC2017)

案例 | 骨架跃迁发现发现新型选择性LSD1抑制剂(JMC2017)

本文分享了Mould等人如何从高通量筛选发现苗头化合物、再用骨架跃迁进行苗头化合物的优化、结合文献信息进一步修饰化合物与…
案例 | 骨架跃迁优化选择性可逆性LSD1抑制剂剂(BMCL2017)

案例 | 骨架跃迁优化选择性可逆性LSD1抑制剂剂(BMCL2017)

现有LSD1可逆抑制剂GSK-690同时也是hERG抑制剂，这限制了该类化合物的开发。为了发现更好的LSD1抑制剂，作者…
SPARK教程 | SPARK替换结晶水分子

SPARK教程 | SPARK替换结晶水分子

如何利用复合物晶体结构的水分子信息，从一个活性很弱的起始化合物出发，经过片段替换（骨架跃迁、侧链替换）大幅提高化合物的活…
场技术案例–基于场的虚拟筛选与生物等排体替换发现和优化新型小分子HIV-1进入抑制剂

场技术案例–基于场的虚拟筛选与生物等排体替换发现和优化新型小分子HIV-1进入抑制剂

目前HIV治疗方案产生了大量耐药株和累积毒性，因此迫切需要发展抑制HIV-1复制的新型药物。HIV-1进入抑制是一个引人…

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