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25.02.13
Flare V10发布——新增绝对自由能微扰、蛋白-蛋白对接、蛋白-配体相互作用指纹等功能
25.01.22
用SPARK生物等排体替换加速胺基甲酸酯 Cbl-b 抑制剂的发现
25.01.16
自适应Lambda调度——一种提高自由能微扰模拟计算效率的方法
25.01.15
3D-QSAR与Spark生物等排体替换联合使用——高效骨架跃迁设计新型FABP4抑制剂
25.01.11
药物化学设计的核心问题——Forge和Spark之间的协同关系
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Thompson sampling──高效的超大型按需合成库虚拟筛选方法
在过去五年中,虚拟筛选超大型按需合成库已成为药物发现项目中识别苗头化合物的强大工具。 ...
原创文章
云上虚拟筛选发现强效、选择性ROS1抑制剂
ROS1重排占非小细胞肺癌患者的1-2%,然而在临床上还没有选择性靶向ROS1的疗法。 ...
原创文章
在基于配体3D相似性的虚拟筛选中使用Tversky
本文介绍了基于配体3D相似性计算两种主要方法Tanimoto与Tversky,并将ROCS Tversky相似性方法与文 ...
ORION云计算——OEDocking与ROCS超高通量虚拟筛选计算服务
ORION是OpenEye基于AWS的云计算计算,部署了OpenEye的全部软件工具并整合多种开源软件。 ...
ROCS——用形状技术进行高效的虚拟筛选
本文用DUDE数据集对基于配体的ROCS虚拟筛选方法进行了性能评估,评估指标包括总体性能ROC AUC、早期富集能力lo ...
基于药效团、分子对接、分子形状的深度增强学习结构生成案例汇总
深度生成模型已用来进行从头分子设计,能够生成性质理想的化合物。 ...
ROCS案例 | RUNX1/ETO四聚体PPI抑制剂的发现
Alexander等人借助自由能计算、能量拆解预测了Hot spot、并用实验确认了其中3个氨基酸残基;以Hot spo ...
OpenEye案例 | 基于形状静电相似性虚拟筛选发现全新的FabI抑制剂
在本研究中,作者用了一个独特的策略:形状匹配与静电相似性比较进行基于配体的虚拟筛选,从ASDI数据库中命中几个活性在微摩 ...
基于ROCS的靶标预测方案与教程
形状与静电是分子的两个基本物理性质,如果一个化合物与蛋白的结合位点在形状与静电上互补,那么这个化合物自然而然地成为该蛋白 ...
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REINVENT与精确的结合自由能排序相结合的生成式主动学习
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Deep Docking——一个增强的基于结构药物发现深度学习平台
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