摘要：Ligandscout是一款优秀的药物设计设计软件，提供基于结构的药效团识别、基于配体的药效团识别、高性能构象搜索、虚拟筛选、分子对接、分子动力学模拟轨迹分析等药物设计功能。当前的最新版本为4.2， 本文介绍了该版本的新增特性。

一. 最新版本升级安装

1. 当前最新版本为4.2。

2. 如何安装

(1)如果需要新、老版本共存，请将该版本安装于一个新目录。

(2)或者卸载老版本,再安装新的版本。

二. 新的特性

• 交互式图表进行对表单进行分析与过滤
• 完全可编辑的表单，并支持从Excel导入或导出。
• 完全可编辑的参数集对数据库进行过滤
• 发现表单中哪些化合物是出现在PDB数据库中的配体
• 重新建模工作流用于基于配体药效团识别
• 多个结合位点叠合与可视化
• 导入AMBER、GROMACS与Charmm的分子动力学模拟轨迹
• 自动从分子动力学模拟轨迹生成药效团模型
• 对从分子动力学模拟轨迹生成的药效团进行分析的工具

三. Ligandscout独家特性

1. 基于结构的分子设计与模拟

• 配体-蛋白相互作用的自动识别，交互式分子对接

• 用户友好的互变异构体与侧链旋转异构体分析

2. 基于配体的药效团建模

• 基于药效团的配体聚类

• 基于结构的药效团模型建模支持自动生成排斥体积

• 每个药效团模型支持不限数量的药效团元素（features）

3. 虚拟筛选

• 随着药效团元素的增加，速度与精度也增加

四. Ligandscout特性介绍

1. Ligandscout的药效团元素：不仅包含金属相互作用特征，还包含共价键相互作用特征。


图1. Ligandscout的药效团元素类型，金属相互作用与共价相互作用是Liganscout特有的药效团元素组成。

2. 交互式图表对表单进行分析


图2. 提供了交互式图表工具对表单进行数据分析以便决策

3. 可编辑的表单


图3. 支持在表单增加或删除信息，将数据从Excel导入到表单或将数据从表单导出到Excel

4. 表单的过滤


图4. 可以对表单或数据库进行过滤操作

5. PDB数据库查询


图5.对表单化合物搜索PDB数据库

6. 一键生成基于配体的药效团模型


图6.基于配体的药效团模型工作流：只需一键，搞定全部

7. 蛋白结合位点分析


图7. 蛋白3D结构的叠合以及结合位点分析

8. 分子动力学模拟轨迹分析


图8. 全自动地从分子动力学模拟轨迹生成药效团

9. 基于药效团的分子动力学模拟轨迹分析工具


图9. 基于药效团的分子动力学模拟轨迹分析工具

10. Ligandscout/expert: KNIME整合工具

• 分子结构数据的输入与输出：支持主流的文件格式

• 数据操作

• 构象分析

• 生成Ligandscout 3D数据库

• 搜索ChEMBL数据库

• 搜索SureChEMBL专利数据库

• 虚拟筛选与活性预测

• 用药效团分析分子动力学模拟轨迹

• 毒性预测

图10. Ligandscout/Expert: KNIME支持基于药效团的靶标预测，绘制作用谱

图11. Ligandscout/Expert: KNIME的节点包含几乎全部Ligandscout功能

五. Ligandscout 4.3预告

1. 支持卤键(Halogen bond)
2. 更多的分子动力学模拟轨迹分析工具
3. 私有云与公共云计算：AWS云计算

六. 相关资料

1. Ligandscout 2017科技论文集

百度网盘下载：https://pan.baidu.com/s/1miy0RHm

2. 4.2版更新信息PDF版

http://www.inteligand.com/download/New_in_LigandScout_4.2.pdf

3. Ligandscout的命令行

http://www.inteligand.com/download/LigandScout_4_Command_Line_Tools.pdf

4. Ligandscout教程

http://www.inteligand.com/download/LigandScout-4.1-Tutorial-Cards.pdf

七. 联系我们