摘要:SPARK是一款生物等排体替换软件,可以实现骨架跃迁、侧链替换、分子生长、分子连接、水分子替换与大环化分子设计等等重要的药物分子设计工作。采用基于反应的库设计策略,可以让设计出来的化合物具有良好合成可行性。本视频演示了如何在SPARK里用Reagent importer导入试剂创建自己的可搜索数据库以便实现基于反应的库设计策略。

为什么要导入试剂

SPARK是一款生物等排体替换软件,可以实现骨架跃迁、侧链替换、分子生长、分子连接、水分子替换与大环化分子设计等等重要的药物分子设计工作。在礼来Baumgartner等人(2020)的测试中,SPARK表现出最佳的侧链虚拟筛选性能。

在对片段的虚拟筛选过程中,如果采用基于反应的库设计策略,可以让设计出来的化合物具有良好合成可行性:因为这些分子是根据您所掌握的反应从试剂或砌块(building block)虚拟合成而来。在博文《用ADMET Predictior与SPARK重现和记黄埔的PI3Kγ/δ双重抑制剂优化的过程》中,我们已经演示了如何采用基于反应的组合库策略,利用SPARK对试剂库进行虚拟筛选重现和记黄埔的PI3Kγ/δ双重抑制剂优化的过程。

演示:通过Reagent importer导入试剂准备自己的可搜索数据库