SPARK教程 | 分子碎片化创建自己的可搜索数据库

摘要：SPARK是一款生物等排体替换软件，可以实现骨架跃迁、侧链替换、分子生长、分子连接、水分子替换与大环化分子设计等等重要的药物分子设计工作。在礼来公司Baumgartner等人的测试中，SPARK表现出最佳的侧链虚拟筛选性能。本视频演示了如何在SPARK里用Molecule Fragmentation对自己的化合物进行碎片化以准备可用来虚拟筛选的片段数据库。

为什么要分子碎片化（Molecule Fragmentation）

SPARK是一款生物等排体替换软件，可以实现骨架跃迁、侧链替换、分子生长、分子连接、水分子替换与大环化分子设计等等重要的药物分子设计工作。在礼来Baumgartner等人（2020）的测试中，SPARK表现出最佳的侧链虚拟筛选性能。

SPARK提供了Molecule Fragmentation的功能，这样你可以对自己的化合物进行碎片化获得专有片段数据库。比如拜耳公司的BaySpace3D就包含了用SPARK对200M（2亿）分子碎片化的数据库，大约2个小时可以完成对该片段库的虚拟筛选，在即将到来的2021年的用户会上拜耳公司将分享其经验。