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基于结构的过滤提高分子对接虚拟筛选的富集性能

基于结构的过滤提高分子对接虚拟筛选的富集性能

本文以DUD-E的NRAM为子集为例，演示了如何用Flare的相互作用分析对Lead Finder分子对接虚拟筛选结果进…
用基于结构的过滤提高分子对接虚拟筛选的效率

用基于结构的过滤提高分子对接虚拟筛选的效率

本文以DUD-E PDE5A子集为例，演示了如何用Flare的相互作用分析来对Uni-Dock结果进行基于结构的过滤，在…
警惕虚拟筛选性能测试的结论——选择合理的蛋白结构来提高富集性能

警惕虚拟筛选性能测试的结论——选择合理的蛋白结构来提高富集性能

本文以DUD-E的靶标HIV PR为例，演示了蛋白结构选择对虚拟筛选性能的影响。具体的讲，当使用PDB 1XL2作为分子…
用数据融合增强分子对接的虚拟筛选性能

用数据融合增强分子对接的虚拟筛选性能

本文以DUD-E的EGFR子集为例，在Flare Docking的虚拟筛选模式下对Actives与Decoys进行了分子…
用分子动力学模拟生成蛋白构象系综以用于生物学更加合理的分子对接实验

用分子动力学模拟生成蛋白构象系综以用于生物学更加合理的分子对接实验

在本月初的网络研讨会上，我们展示了Flare中的分子动力学模拟和对接如何作为一种先进的研究技术而协同工作。在传统的对接模…
用Pyflare来简化苗头化合物的识别

用Pyflare来简化苗头化合物的识别

Pyflare是一个专用的python二进制文件，可以从命令行python脚本中访问Flare的全部功能。这使得诸如对接…
用分子动力学模拟生成蛋白构象系综用于对接实验更具生物学合理性

用分子动力学模拟生成蛋白构象系综用于对接实验更具生物学合理性

对接是一种利用蛋白结构产生配体结合模式(pose)并对所产生的相互作用进行打分的方法。在药物发现中，该方法广泛用于筛选分…
Flare V6发布——新特性、新功能与改进

Flare V6发布——新特性、新功能与改进

本文介绍了Flare V6增强的功能和新特性，包括增强的可视化功能、基于反应的组合库枚举、量子力学 (QM)计算、结合口…
OEDocking——信息用的越多，虚拟筛选性能越好

OEDocking——信息用的越多，虚拟筛选性能越好

本文用DUDE+数据集对OEDocking使用单一apo结构的FRED分子对接、单一holo结构的HYBRID分子对接（…
ROCS——用形状技术进行高效的虚拟筛选

ROCS——用形状技术进行高效的虚拟筛选

本文用DUDE数据集对基于配体的ROCS虚拟筛选方法进行了性能评估，评估指标包括总体性能ROC AUC、早期富集能力lo…

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