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使用Flare™ FEP进行精确结合亲和力的计算——三个GPCR基准测试结果令人鼓舞
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在线会议 | 计算结合于磷脂/膜界面P2Y1 GPCR配体的结合亲和力
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文章标签 "docking"
虚拟筛选——从CB1结合剂中筛选出对CB2具有选择性的先导化合物
通过将基于结构的计算方法、结构生物学和化学知识与基于配体的计算方法相结合,可以优化虚拟筛选的起点,识别可能具有改善的受体…
原创文章
小墨
Cresset
2024-04-10
185
0
配体熵很难但不应被忽略
如果采取适当的措施,对接预测的结合模式和亲和力是可以精确计算的。在柔性配体结合时,因构象自由度限制导致的结合能熵惩罚在计…
原创文章
小墨
文献阅读
2024-03-30
405
0
基于结构虚拟筛选的科学与艺术
药物发现各个阶段的高损耗率推动了人们探索更大化学空间的需求,基于结构虚拟筛选因此而势头正盛。本文从贝叶斯的角度讨论了其作…
原创文章
小墨
文献阅读
2024-03-28
1,044
1
QPCTL抑制剂SEN177的骨架跃迁及结合模式探讨
在本文中,我们用QPCT/SEN177的共晶结构PDB 6GBX作为QPCTL/SEN177结合模型的代理,用GIST方…
原创文章
小墨
Cresset
2024-02-03
1,042
0
基于结构的过滤提高分子对接虚拟筛选的富集性能
本文以DUD-E的NRAM为子集为例,演示了如何用Flare的相互作用分析对Lead Finder分子对接虚拟筛选结果进…
原创文章
小墨
Benchmarking
2023-10-12
1,095
0
用基于结构的过滤提高分子对接虚拟筛选的效率
本文以DUD-E PDE5A子集为例,演示了如何用Flare的相互作用分析来对Uni-Dock结果进行基于结构的过滤,在…
原创文章
小墨
Benchmarking
2023-09-24
1,964
0
警惕虚拟筛选性能测试的结论——选择合理的蛋白结构来提高富集性能
本文以DUD-E的靶标HIV PR为例,演示了蛋白结构选择对虚拟筛选性能的影响。具体的讲,当使用PDB 1XL2作为分子…
原创文章
小墨
Benchmarking
2023-09-13
1,230
0
用数据融合增强分子对接的虚拟筛选性能
本文以DUD-E的EGFR子集为例,在Flare Docking的虚拟筛选模式下对Actives与Decoys进行了分子…
原创文章
小墨
Benchmarking
2023-08-31
1,364
0
用分子动力学模拟生成蛋白构象系综以用于生物学更加合理的分子对接实验
在本月初的网络研讨会上,我们展示了Flare中的分子动力学模拟和对接如何作为一种先进的研究技术而协同工作。在传统的对接模…
原创文章
小墨
Cresset
2023-04-23
1,687
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用Pyflare来简化苗头化合物的识别
Pyflare是一个专用的python二进制文件,可以从命令行python脚本中访问Flare的全部功能。这使得诸如对接…
原创文章
小墨
Cresset
2023-04-23
1,011
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分子内硫-孤对电子相互作用
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避免虚拟筛选时的化学类型偏好——用3D静电场与形状描述符来探索多样的化学空间
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