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用分子动力学模拟生成蛋白构象系综以用于生物学更加合理的分子对接实验

用分子动力学模拟生成蛋白构象系综以用于生物学更加合理的分子对接实验

在本月初的网络研讨会上，我们展示了Flare中的分子动力学模拟和对接如何作为一种先进的研究技术而协同工作。在传统的对接模…
用Pyflare来简化苗头化合物的识别

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Pyflare是一个专用的python二进制文件，可以从命令行python脚本中访问Flare的全部功能。这使得诸如对接…
用分子动力学模拟生成蛋白构象系综用于对接实验更具生物学合理性

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对接是一种利用蛋白结构产生配体结合模式(pose)并对所产生的相互作用进行打分的方法。在药物发现中，该方法广泛用于筛选分…
Flare V6发布——新特性、新功能与改进

Flare V6发布——新特性、新功能与改进

本文介绍了Flare V6增强的功能和新特性，包括增强的可视化功能、基于反应的组合库枚举、量子力学 (QM)计算、结合口…
OEDocking——信息用的越多，虚拟筛选性能越好

OEDocking——信息用的越多，虚拟筛选性能越好

本文用DUDE+数据集对OEDocking使用单一apo结构的FRED分子对接、单一holo结构的HYBRID分子对接（…
ROCS——用形状技术进行高效的虚拟筛选

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本文用DUDE数据集对基于配体的ROCS虚拟筛选方法进行了性能评估，评估指标包括总体性能ROC AUC、早期富集能力lo…
超越相似性的设计——使用活性位点为您的项目生成新设计

超越相似性的设计——使用活性位点为您的项目生成新设计

在本次在线会议中，我们将演示如何使用 Spark docking来寻找可与活性位点发生相互作用的片段。您将了解到如何在基…
分子对接后处理——与指定残基发生特定相互作用配体的过滤

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分子对接后处理可以提高分子对接虚拟筛选的性能。本文分享了如何用Flare的Python API来实现可视化分析的自动化处…
优化SPARK中的对接路径——在结合位点里直接计算配体-蛋白相互作用来发现新的结果

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用经典的分子对接方法对每个新片段组合的新产物分子进行对接打分将是非常慢而不能用于分子生长。本文详细解释了SPARK是如何…
关于分子对接预测结合模式的问题

关于分子对接预测结合模式的问题

本文以Imatinib、dasatinib与ABL1激酶复合物结合模式为例，解释为什么分子对接并不是一件容易的事。

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