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Flare V9先睹为快——前沿的科学、集成和可用性
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使用Flare™ FEP进行精确结合亲和力的计算——三个GPCR基准测试结果令人鼓舞
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用基于结构的过滤提高分子对接虚拟筛选的效率
本文以DUD-E PDE5A子集为例,演示了如何用Flare的相互作用分析来对Uni-Dock结果进行基于结构的过滤,在…
原创文章
小墨
Benchmarking
2023-09-24
2,198
0
点到面距离与NICS芳香性计算
本文以西地那非的一个片段为例,演示了如何用Numpy来求解原子所在面、法线以及点到面距离。更具体地讲,本文以杂环芳香性计…
小墨
Flare
2022-01-16
3,352
1
在Flare里计算两个环的几何中心及其之间的距离
PDB 1UDT是西地那非与PDE5A的复合物晶体结构,本文以其配体西地那非杂环与蛋白A链PHE820侧链苯环几何中心之…
小墨
Flare
2022-01-15
1,686
0
用OEChem分析Asciminib与ABL的相互作用
OEChem不仅是一个强大的数据整合工具,而且还是强大的蛋白-配体相互作用分析工具。本文以最近上市的ABL别构抑制剂As…
小墨
OpenEye
2021-12-30
1,900
2
用OEChem解决键级与电荷问题
在本文中,演示了如何读入一个SDF分子结构,用Vina将其docking到一个蛋白结合位点里,然后试图将对接结果用模板法…
小墨
OpenEye
2021-12-29
4,285
0
用OEChem分析Abemaciclib与CDK6的相互作用
OEChem不仅是一个强大的数据整合工具,而且还是强大的蛋白-配体相互作用分析工具。本文以最近上市的CDK4/6抑制剂a…
小墨
OpenEye
2021-12-28
1,826
0
OEChem数据处理从圣诞快乐开始
OEChem是OpenEye强大的化学信息学工具,可在各种数据整合场景中用于处理各种来源的生物、化学的数据,结构准备以及…
小墨
OpenEye
2021-12-24
1,617
0
AutoT&T算例——DDR1抑制剂从苗头化合物到先导化合物的发现
本文以DDR1抑制剂从苗头化合物到先导化合物的发现为例,演示了如何用Flare分子对接与AutoT&T的裁剪、移植策略相…
小墨
AutoT&T 2
2021-11-29
3,011
1
分子对接后处理——与指定残基发生特定相互作用配体的过滤
分子对接后处理可以提高分子对接虚拟筛选的性能。本文分享了如何用Flare的Python API来实现可视化分析的自动化处…
小墨
Cresset
2021-11-02
7,211
0
pyflare与RDKit常见问题
本文主要提供pyflare的python extension与rdkit等的常见问题。包括如何(1)根据蛋白的UNIPR…
原创文章
小墨
Cresset
2019-03-28
11,267
0
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蛋白质动力学和药物发现——通过主成分分析提升项目开发
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