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用基于结构的过滤提高分子对接虚拟筛选的效率

用基于结构的过滤提高分子对接虚拟筛选的效率

本文以DUD-E PDE5A子集为例，演示了如何用Flare的相互作用分析来对Uni-Dock结果进行基于结构的过滤，在…
点到面距离与NICS芳香性计算

点到面距离与NICS芳香性计算

本文以西地那非的一个片段为例，演示了如何用Numpy来求解原子所在面、法线以及点到面距离。更具体地讲，本文以杂环芳香性计…
在Flare里计算两个环的几何中心及其之间的距离

在Flare里计算两个环的几何中心及其之间的距离

PDB 1UDT是西地那非与PDE5A的复合物晶体结构，本文以其配体西地那非杂环与蛋白A链PHE820侧链苯环几何中心之…
用OEChem分析Asciminib与ABL的相互作用

用OEChem分析Asciminib与ABL的相互作用

OEChem不仅是一个强大的数据整合工具，而且还是强大的蛋白-配体相互作用分析工具。本文以最近上市的ABL别构抑制剂As…
用OEChem解决键级与电荷问题

用OEChem解决键级与电荷问题

在本文中，演示了如何读入一个SDF分子结构，用Vina将其docking到一个蛋白结合位点里，然后试图将对接结果用模板法…
用OEChem分析Abemaciclib与CDK6的相互作用

用OEChem分析Abemaciclib与CDK6的相互作用

OEChem不仅是一个强大的数据整合工具，而且还是强大的蛋白-配体相互作用分析工具。本文以最近上市的CDK4/6抑制剂a…
OEChem数据处理从圣诞快乐开始

OEChem数据处理从圣诞快乐开始

OEChem是OpenEye强大的化学信息学工具，可在各种数据整合场景中用于处理各种来源的生物、化学的数据，结构准备以及…
AutoT&T算例——DDR1抑制剂从苗头化合物到先导化合物的发现

AutoT&T算例——DDR1抑制剂从苗头化合物到先导化合物的发现

本文以DDR1抑制剂从苗头化合物到先导化合物的发现为例，演示了如何用Flare分子对接与AutoT&T的裁剪、移植策略相…
分子对接后处理——与指定残基发生特定相互作用配体的过滤

分子对接后处理——与指定残基发生特定相互作用配体的过滤

分子对接后处理可以提高分子对接虚拟筛选的性能。本文分享了如何用Flare的Python API来实现可视化分析的自动化处…
pyflare与RDKit常见问题

pyflare与RDKit常见问题

本文主要提供pyflare的python extension与rdkit等的常见问题。包括如何（1）根据蛋白的UNIPR…

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