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从构象稳定性与水分子替换角度理解PARP1抑制剂HRS1167的设计

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本文用Flare的QM计算与GIST水能量学计算分析了Parp1抑制剂HRS1167大环化设计。HRS1167的大环设计…
用张力能评估构象稳定性及其在先导化合物优化中的应用——更多力场选择

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本文用两对化学结构仅一个原子差异但活性相差巨大的分子对为例，尝试用FreeForm以不同的力场计算张力能来解释活性差异的…
FreeForm–构象稳定性评估及其在先导化合物优化中的应用

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需要不需要对线型先导物进行构象约束以获得更好的衍生物？这是药物化学工作者常常面临的一个问题。最直接的做法是合成出化合物，…
配体熵很难但不应被忽略

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如果采取适当的措施，对接预测的结合模式和亲和力是可以精确计算的。在柔性配体结合时，因构象自由度限制导致的结合能熵惩罚在计…
通过扭转角分析发现先导化合物优化的机会

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本文演示了如何用Flare QM的扭转角分析以发现高能的生物学构象并由此发现化合物优化的机会。具体地讲，以BMS Fac…
用Spark重现大环HPK1抑制剂的设计

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SPARK的分子大环化向导是一种快速且易于使用的工作流，可生成有意义且结构多样的计算结果，用于指导大环药物的发现。本文以…
用Flare QM计算化合物的ECD图谱

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Flare V6的一个新特性是引入了配体QM计算。本文以(S)-Dexmedetomidine为例介绍了如何通过Flar…
CT7001的CDK7/CDK2激酶靶标选择性分析

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本文从激酶特性结合子口袋分析、相互作用分析与生物活性构象稳定性分析等三个角度考察了CT7001对CDK7与CDK2激酶选…
AutoT&T算例——DDR1抑制剂从苗头化合物到先导化合物的发现

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本文以DDR1抑制剂从苗头化合物到先导化合物的发现为例，演示了如何用Flare分子对接与AutoT&T的裁剪、移植策略相…
双水记——水分子替换而活性降低的理论解释

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2012年辉瑞公司的Trujillo等人在 “双水记（a tale of two waters）”一文描述了对hH-PG…

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