GIST

用SPARK水分子替换实验重现MRTX1719基于片段的发现

用SPARK水分子替换实验重现MRTX1719基于片段的发现

在本文中，我们利用计算方法重现了新型合成致死药物MRTX1719的基于片段的发现过程。 ...

基于GIST的水合位点分析及其在基于结构设计中的应用

基于GIST的水合位点分析及其在基于结构设计中的应用

本文详细介绍了Flare GIST水分析原理，以及如何进行基于GIST的水合位点分析。 ...

用静电互补性与分子对接打分对ACK1激酶抑制剂铰链结合片段进行优先级排序

用静电互补性与分子对接打分对ACK1激酶抑制剂铰链结合片段进行优先级排序

本文深入分析了Flare两种轻量级LF VSscore与EC score打分方法对ACK1激酶抑制剂铰链结合片段优先级排 ...

PDE10A抑制剂MK-8189苗头到先导、先导优化中的水分子置换设计

PDE10A抑制剂MK-8189苗头到先导、先导优化中的水分子置换设计

本文用Flare GIST分析了PDE10A的apo结合位点，用计算的水合位点与水合自由能解释了苗头化物与先导化合物优化 ...

QPCTL抑制剂SEN177的骨架跃迁及结合模式探讨

QPCTL抑制剂SEN177的骨架跃迁及结合模式探讨

在本文中，我们用QPCT/SEN177的共晶结构PDB 6GBX作为QPCTL/SEN177结合模型的代理，用GIST方 ...

从构象稳定性与水分子替换角度理解PARP1抑制剂HRS1167的设计

从构象稳定性与水分子替换角度理解PARP1抑制剂HRS1167的设计

本文用Flare的QM计算与GIST水能量学计算分析了Parp1抑制剂HRS1167大环化设计。 ...

从肽到小分子——分而治之策略重现NNMT抑制剂的设计

从肽到小分子——分而治之策略重现NNMT抑制剂的设计

本文以田野义小分子NNMT抑制剂的发现为例，联合使用Flare与Spark采用分而治之的策略重现了田野义从肽到小分子的发 ...

配体设计中水分子的计算探索

在基于结构的药物设计中，人们通常对配体进行优化以取代蛋白质结合口袋中能量不利的水分子。 ...

联合使用3D-RISM与GIST计算密闭结合位点里水的热力学性质

联合使用3D-RISM与GIST计算密闭结合位点里水的热力学性质

在本文中，我们提出了一种新的结合位点水热力学性质计算方法，也就是使用基于XED力场的3D-RISM来放置初始的水分子位置 ...

PD-1/PD-L1相互作用抑制剂——探索结合口袋的性质引入新的相互作用

PD-1/PD-L1相互作用抑制剂——探索结合口袋的性质引入新的相互作用

本文以PD-1/PD-L1相互作用抑制剂BMS-202为例，用Flare/GIST与Ligandscout/Apo si ...