CONFLEX教程 | CONFLEX构象搜索时如何约束两面角

摘要：CONFLEX是一款构象搜索软件，本文描述了如何在CONFLEX构象搜索时约束化合物的两面角于特定的角度。

一. 问题

我希望CONFLEX在构象搜索时约束指定的两面角，让这个两面角保存不动。

二. 解决方式

为了在构象搜索时“固定”两面角，需要在计算时加入以下关键词：

PSEUDO_TORS=(I,J,K,L,STD,FK)

该关键词的意思是在I-J-K-L两面角施加一个回复力（harmonic potential）让它可以STD角度内变化。其中I,J,K,L是结构的原子索引号，在CONFLEX视图界面用鼠标就可以点出来，STD是要固定的两面角的值，FK是简谐势的力常数。当STD设为360.0或更大时，意味着两面角保持初始结构的两面角。

比如，让两面角2-5-8-13保持为初始的角度：PSEUDO_TORS=(2,5,8,13,360.0,1000)。

图1. 两面角2-5-8-13

更多细节，请参考CONFLEX使用手册第23页“Force Filed Setting”部分的“PSEUDO_TORS”：

Pseudo force of I-J-K-L torsion angle is provided. When standard angle STD is set to 360.0 or larger, the angle (deg) of the initial structure is given as the defaults. And when force constants FK of harmonic potential function is set to zero, 1,000 (kcal/mol/rad2) is given as the defaults.