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计算服务案例 | 用虚拟筛选识别有前途的癫痫抑制剂
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文章标签 "基于结构的设计"
骨架跃迁”重现”TYK2 JH2抑制剂NDI-034858的发现
本文以BMS公开的6o化合物为起点,经SPARK进行骨架跃迁、Hit Expander的快速结构修饰,再进一步通过简单结…
原创文章
小墨
Cresset
2022-12-23
1,711
0
在基于结构的设计中用Flare Viewer来提高视觉分析的效率
很多重要的非经典相互作用不能被传统的分子对接、分子力场等计算方法正确评估,因此视觉分析在基于结构的药物设计中是非常必要且…
原创文章
小墨
Cresset
2021-07-09
1,317
0
基于结构药物发现中的决策:对接结果的手工检查
分子对接是一种广泛应用于药物发现的计算方法。由于分子对接固有的不精确性,结合模式的手工检查是计算药物化学家在决策过程中至…
原创文章
小墨
Docking
2021-05-22
3,012
7
不同寻常的蛋白配体相互作用-PDB可视化算例
本文试图为Kuhn 等人(2019)总结的蛋白-配体相互作用模式提供PDB算例,并用基于结构的软件Flare Viewe…
原创文章
小墨
Cresset
2021-05-09
2,438
0
数据库挖掘的启示:不同寻常的蛋白-配体相互作用有多重要?
我们提出了一种新方法,可以从PDB的挖掘中获得蛋白-配体原子对的相互作用倾向。为了确保得到可靠的统计,我们使用视线接触过…
原创文章
小墨
文献阅读
2021-05-05
3,392
1
FLARE V3特性预告:新技术与性能提升
本文预告了Flare V3的部分新功能与性能改进。自由能微扰(FEP)计算相对结合自由能是该版本的最大亮点,已经用多种数…
小墨
Cresset
2019-08-28
3,632
0
Ligandscout教程 | 基于片段的虚拟筛选联用AutoT&T进行从头设计
本文演示了如何将Ligandscout的基于片段虚拟筛选与AutoT&T 2联合使用,实现化合物的从头设计。首先用Lig…
原创文章
小墨
AutoT&T 2
2018-08-31
3,702
2
蛋白结构的检查与准备
从PDB数据库下载的蛋白结构并不完美,正确准备与否影响了分子对接的结果。本文介绍了如何在分子对接前检查蛋白的结构,并加以…
原创文章
小墨
Docking
2018-02-20
6,476
7
SZMAP | 水分子的稳定化自由能计算及其应用
本文对SZMAP计算的水能量学指标进行了总结,重点介绍了SZMAP稳定化自由能与中性水探针自由能差的概念、区别及其应用。…
原创文章
小墨
OpenEye
2017-06-15
3,649
0
基于结构的设计软件Flare测试邀请函
Flare是一款开创性的蛋白-配体分析与设计软件,它整合了当今最尖端的开源与商业技术,为基于结构的设计带来了新视角。Fl…
原创文章
小墨
Cresset
2017-04-21
3,841
4
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2023-06-02
使用Flare的组合库枚举器(Library enumerator)进行化学修饰
用自由能计算与生物等排体替换来进行SARS-Cov-2 M
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半胱氨酸蛋白酶抑制剂的识别研究
2023-06-01
Flare™V7.0发布——增强的分子对接、更好的QSAR建模与更精确的FEP与MD结果
2023-05-15
选择性CDK8抑制剂的骨架跃迁
2023-05-04
加速发现新型靶向蛋白降解疗法
2023-05-01
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