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骨架跃迁”重现”TYK2 JH2抑制剂NDI-034858的发现

骨架跃迁”重现”TYK2 JH2抑制剂NDI-034858的发现

本文以BMS公开的6o化合物为起点，经SPARK进行骨架跃迁、Hit Expander的快速结构修饰，再进一步通过简单结…
在基于结构的设计中用Flare Viewer来提高视觉分析的效率

在基于结构的设计中用Flare Viewer来提高视觉分析的效率

很多重要的非经典相互作用不能被传统的分子对接、分子力场等计算方法正确评估，因此视觉分析在基于结构的药物设计中是非常必要且…
基于结构药物发现中的决策：对接结果的手工检查

基于结构药物发现中的决策：对接结果的手工检查

分子对接是一种广泛应用于药物发现的计算方法。由于分子对接固有的不精确性，结合模式的手工检查是计算药物化学家在决策过程中至…
不同寻常的蛋白配体相互作用-PDB可视化算例

不同寻常的蛋白配体相互作用-PDB可视化算例

本文试图为Kuhn 等人（2019）总结的蛋白-配体相互作用模式提供PDB算例，并用基于结构的软件Flare Viewe…
数据库挖掘的启示：不同寻常的蛋白-配体相互作用有多重要？

数据库挖掘的启示：不同寻常的蛋白-配体相互作用有多重要？

我们提出了一种新方法，可以从PDB的挖掘中获得蛋白-配体原子对的相互作用倾向。为了确保得到可靠的统计，我们使用视线接触过…
FLARE V3特性预告：新技术与性能提升

FLARE V3特性预告：新技术与性能提升

本文预告了Flare V3的部分新功能与性能改进。自由能微扰(FEP)计算相对结合自由能是该版本的最大亮点，已经用多种数…
Ligandscout教程 | 基于片段的虚拟筛选联用AutoT&T进行从头设计

Ligandscout教程 | 基于片段的虚拟筛选联用AutoT&T进行从头设计

本文演示了如何将Ligandscout的基于片段虚拟筛选与AutoT&T 2联合使用，实现化合物的从头设计。首先用Lig…
蛋白结构的检查与准备

蛋白结构的检查与准备

从PDB数据库下载的蛋白结构并不完美，正确准备与否影响了分子对接的结果。本文介绍了如何在分子对接前检查蛋白的结构，并加以…
SZMAP | 水分子的稳定化自由能计算及其应用

SZMAP | 水分子的稳定化自由能计算及其应用

本文对SZMAP计算的水能量学指标进行了总结，重点介绍了SZMAP稳定化自由能与中性水探针自由能差的概念、区别及其应用。…
基于结构的设计软件Flare测试邀请函

基于结构的设计软件Flare测试邀请函

Flare是一款开创性的蛋白-配体分析与设计软件，它整合了当今最尖端的开源与商业技术，为基于结构的设计带来了新视角。Fl…

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