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使用Flare™ FEP进行精确结合亲和力的计算——三个GPCR基准测试结果令人鼓舞
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关于用分子对接预测结合亲和力的问题
人们喜欢用分子对接预测化合物的结合亲和力以解释化合物的活性差异。经常有人吐槽:对接对化合物活性排序非常不准。因此本文的主…
原创文章
小墨
Docking
2019-04-30
17,642
7
认清虚拟筛选中的陷阱
虚拟筛选的目的是利用蛋白质靶标或已知生物活性配体的相关信息通过计算的方法来识别具有活性的化合物。虚拟筛选有众多的参数设置…
原创文章
小墨
文献阅读
2019-01-01
12,181
28
Lead Finder 分子对接性能测试
本文用CASF-2013数据集测试了Lead Finder的采样性能与打分性能。结果表明:重复进行3次计算,取打分最高前…
原创文章
小墨
Cresset
2018-05-24
2,608
4
蛋白结构的检查与准备
从PDB数据库下载的蛋白结构并不完美,正确准备与否影响了分子对接的结果。本文介绍了如何在分子对接前检查蛋白的结构,并加以…
原创文章
小墨
Docking
2018-02-20
7,925
7
Lead Finder教程 | 基于结构的虚拟筛选
Lead Finder是一款分子对接软件,本文以TK激酶抑制剂的虚拟筛选为例,演示了如何用Lead Finder对化合物…
原创文章
小墨
Cresset
2017-11-17
4,782
2
Flare 教程 | 分子对接-结合模式预测
本教程演示了Flare的对接计算流程,包括:1)PDB文件下载;2)受体、配体结构准备;3)配体的导入;4)分子对接计算…
小墨
Cresset
2017-06-04
7,756
0
基于结构的设计软件Flare测试邀请函
Flare是一款开创性的蛋白-配体分析与设计软件,它整合了当今最尖端的开源与商业技术,为基于结构的设计带来了新视角。Fl…
原创文章
小墨
Cresset
2017-04-21
4,266
4
十种分子对接软件的性能评估
在本研究中,以PBDbind数据库(2014版)的2002个蛋白-配体复合物结构作为测试用数据集,评估了10个分子对接软…
原创文章
小墨
Docking
2017-02-08
30,237
49
虚拟筛选-分子对接还是药效团?
药效团与分子对接技术是常用的两种数据库虚拟筛选方法,那么到底哪种方法更好、还是各有优势呢?中国科学院上海药物所药物发现与…
原创文章
小墨
drug design
2017-02-01
10,516
4
分子对接教程–用FRED进行虚拟筛选
FRED是OpenEye OEDocking软件包的一个分子对接程序,它将化合物数据库对接到一个受体口袋里进行结合模式预…
小墨
Docking
2016-09-15
7,806
1
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2024-04-14
虚拟筛选——从CB1结合剂中筛选出对CB2具有选择性的先导化合物
2024-04-10
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